尽管科尔特斯在前往大陆并领导征服远征时无视了迭戈·韦拉斯凯斯（diego Velázquez）的权威，但他的辉煌成功得到了王室的奖励，授予他一枚徽章，这是一种高度荣誉的标志，符合征服者的要求。
授予徽章的文件总结了科尔特斯在征服墨西哥中的成就。
国王的宣言部分如下：
“我们尊重您所经历的诸多劳苦、危险和冒险，并希望您和您的后代能得到更充分的荣誉……
我们决定，除了您已有的家族徽章外，您还可以拥有并佩戴一个被广为认可的徽章，一个盾牌……”
该授予文件详细说明了徽章的图案，中央部分被划分为四个象限。
在上方，有一只“白色背景上的黑色双头鹰，这是帝国的徽章”。
下面是“红色背景上的金狮，纪念您，埃尔南·科尔特斯，凭借您的勤奋和努力，将事情发展到上述状态”（即征服）。
其他两个图案的具体内容直接与墨西哥相关，其中一个展示了三个王冠，代表征服时代的三位阿兹特克皇帝：莫克特莫（moctezuma）、库伊特拉瓦克（cuitlahuac）和库阿乌特莫克（cuauhtemoc），另一个图案则显示了阿兹特克首都特诺奇提特兰（tenochtitlán）。
围绕着中央盾牌的是七个湖泊周边城邦及其领主的象征，科尔特斯征服了这些领主。
领主“将被展示为被锁链束缚的囚犯，锁链下方将有一个锁，位于盾牌之下”。
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科尔特斯的妻子卡塔琳娜·苏亚雷斯于1522年夏季抵达新西班牙，她的妹妹和兄弟也随同而来。
此时，他们的婚姻关系非常尴尬，因为卡塔琳娜是古巴总督迭戈·韦拉斯凯斯（diego Velázquez）的亲属，而科尔特斯已经摆脱了韦拉斯凯斯的权威，因此他现在是韦拉斯凯斯的敌人。
卡塔琳娜并没有贵族头衔，因此此时与她的婚姻并未提升科尔特斯的地位。
他们的婚姻没有子女。
由于科尔特斯与多位土着女性生育了孩子，包括与他的翻译者多娜·玛丽娜（do?a marina）在1522年生下的一个儿子，科尔特斯知道自己有能力生育。
此时，科尔特斯唯一的男性继承人是私生子，但仍以科尔特斯的父亲马丁·科尔特斯（martin cortés）命名。
卡塔琳娜·苏亚雷斯于1522年11月1日至2日的夜晚神秘去世。
当时有指控称科尔特斯谋杀了妻子。
对此事进行了调查，采访了多位家中的居民和其他人。
调查的文件在十九世纪在墨西哥发表，这些档案文件在二十世纪被发现。
卡塔琳娜·苏亚雷斯的去世引发了一场丑闻和调查，但科尔特斯因此得以自由选择与更符合他财富和权力地位的高层人士再婚。
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从1524年到1526年，科尔特斯（cortés）领导了一次前往洪都拉斯的探险，在那里他击败了克里斯托瓦尔·德·奥利德（cristobal de olid），后者在古巴总督迭戈·贝拉斯克斯（diego Velázquez）的影响下声称拥有洪都拉斯。
科尔特斯担心夸乌特莫克（cuauhtémoc）可能在墨西哥发起叛乱，于是将他带到了洪都拉斯。
在一次有争议的举动中，夸乌特莫克在旅途中被处决。
因奥利德的叛变而愤怒的科尔特斯下令逮捕贝拉斯克斯，他确信贝拉斯克斯是奥利德叛变的幕后黑手。
然而，这一举动只会进一步疏远卡斯蒂利亚王室和印地安委员会（council of Indies），这两个机构都开始对科尔特斯日益增强的权力感到不安。
科尔特斯给查理五世的第五封信试图为他的行为辩护，信的结尾对“各种强大的竞争对手和敌人”进行了尖锐的攻击，称他们“蒙蔽了陛下的眼睛”。
查理五世同时也是神圣罗马帝国皇帝，对于遥远的殖民地几乎没有时间管理（查理的大部分统治时间都用于与法国、德国的宗教改革者以及不断扩张的奥斯曼帝国的战争），除非这些殖民地有助于为他的战争提供资金。
在征服的那一年1521年，查理五世正忙于处理他在德国的事务，而乌特勒支的主教阿德里安（bishop Adrian of Utrecht）在西班牙担任摄政。
韦拉斯凯斯和丰塞卡（Fonseca）说服摄政任命了一位专员，赋予其调查科尔特斯行为的权力，甚至可以逮捕他。
科尔特斯曾说，“和自己的同胞竞争比与阿兹特克人竞争还要困难”。
1526年，科尔特斯在库埃纳瓦卡（cuernavaca）为自己建造了一座宏伟的住宅——科尔特斯宫，这个地区靠近首都（现代墨西哥中部偏南），他在此拥有大量的恩给制地契（enienda）地产。
韦拉斯凯斯总督继续成为他的一根刺，与西班牙殖民部门的首席官员胡安·罗德里格斯·丰塞卡（bishop Juan Rodriguez de Fonseca）联手在印地安委员会中削弱他。
在科尔特斯返回探险几天后，庞斯·德·莱昂（ponce de Leon）暂停了科尔特斯担任新西班牙（New Spain）总督的职务。
随后，庞斯·德·莱昂生病，并在抵达后不久去世，任命马尔科斯·德·阿吉拉尔（marcos de Aguilar）为市长。
年迈的阿吉拉尔也生病，并任命阿隆索·德·埃斯特拉达（Alonso de Estrada）为总督，埃斯特拉达在1527年8月的皇家法令中得到了确认。
科尔特斯被怀疑毒死了他们，因此没有接管政府。
埃斯特拉达派迭戈·德·菲戈罗亚（diego de Figueroa）南下。
菲戈罗亚抢劫坟墓并勒索贡品，最后在运载这些财宝的船只沉没时丧命。
阿尔博尔诺斯（Albornoz）说服阿隆索·德·埃斯特拉达释放贡萨洛·德·萨拉萨尔（Gonzalo de Salazar）和奇里诺斯（chirinos）。
当科尔特斯愤怒地抱怨他的一名追随者的手被砍掉后，埃斯特拉达下令将他流放。
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1528年，科尔特斯返回西班牙，他向国王查理五世申诉。
胡安·阿尔塔米拉诺（Juan Altamirano）和阿隆索·巴连特（Alonso Valiente）留在墨西哥，作为科尔特斯在他缺席期间的代表。
科尔特斯以极大的光彩出现在查理五世的宫廷面前。
此时查理五世已经回国，科尔特斯直截了当地回应了敌人的指控。
他否认自己隐瞒了应归王室的黄金，显示出自己贡献的远超过法定的五分之一。
事实上，他在建造墨西哥城的新首都方面花费奢华，这座城市建立在阿兹特克首都特诺奇提特兰（tenochtitlán）的废墟上，而特诺奇提特兰是在摧毁阿兹特克帝国的围城中被夷为平地的。
查理五世以极高的礼遇接见了他，并授予他圣地亚哥骑士勋章。
作为对他扩展仍然年轻的西班牙帝国努力的回报，科尔特斯在1529年获得了贵族头衔“堂”（don），但更重要的是被封为“瓦哈卡谷的侯爵”（marqués del Valle de oaxaca）。
在他那位名望较低的第一任妻子卡塔利娜·苏亚雷斯（catalina Suárez）于1522年去世后，娶了西班牙贵族女子多娜·胡安娜·德·苏尼加（do?a Juana de Zu?iga）。
此次婚姻生育了三个孩子，其中还有一个儿子也叫马丁。
作为长子，合法的马丁·科尔特斯·德·苏尼加（don martin cortés y Zu?iga）成为科尔特斯的继承人，并继承了瓦哈卡谷地侯爵的头衔和财产。
科尔特斯的合法女儿包括多娜·玛丽亚（do?a maria）、多娜·卡塔琳娜（do?a catalina）和多娜·胡安娜（do?a Juana）。
侯爵的贵族头衔和封地一直传给他的后代，直到1811年。
瓦哈卡谷是新西班牙最富有的地区之一，科尔特斯在23个指定的恩赐地（eniendas）中拥有23,000名附庸，世代相传。
尽管他在土地和附庸方面得到了确认，但他并未恢复担任总督，且在新西班牙的行政管理中再也没有获得任何重要职务。
在他前往西班牙的旅行期间，殖民行政人员管理不善，他的财产被滥用。
他在一场诉讼中站在了当地土着一方。
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在探险下加利福尼亚之后，科尔特斯（cortés）于1541年返回西班牙，试图驳斥那些对他提起多起诉讼的愤怒平民（因债务、滥用权力等问题）。
他返回时穿过人群，向皇帝查理五世问好，皇帝询问他是谁。
科尔特斯回答说：“我是一位为您贡献了更多省份的人，比您的祖先留下的城市还要多。”
查理五世最终允许科尔特斯参加他指挥的安德烈亚·多利亚舰队，参与1541年对阿尔及尔的伟大远征，当时阿尔及尔是奥斯曼帝国的一部分。
在这次战役中，科尔特斯在追击阿尔及尔的帕夏（pasha）时，差点在一场暴风雨中溺亡。
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由于花费了大量自己的钱来资助远征，他现在背负了沉重的债务。
1544年2月，他向皇家国库提出索赔，但在接下来的三年里没有得到回应。
他感到厌倦，决定于1547年返回墨西哥。
当他抵达塞维利亚时，患上了痢疾。
1547年12月2日，他因患胸膜炎在塞维利亚省的卡斯蒂列哈·德·拉·克斯塔（castilleja de la cuesta）去世，享年62岁。
他在遗嘱中妥善照顾了他的许多混血和白人子女，以及每位母亲。
他在遗嘱中请求将他的遗体最终安葬在墨西哥。
在去世前，他要求教皇解除他四个孩子的“私生子”身份，其中包括他与多娜·玛丽娜（do?a marina，也就是 La malinche）所生的马丁，据说是他最喜欢的孩子。
然而，他的女儿多娜·卡塔利娜（do?a catalina）在父亲去世后不久去世。
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他去世后，因多种原因，他的遗体被转移了超过八次。
1547年12月4日，他被埋葬在塞维利亚圣伊西多罗·德尔·坎波教堂（San Isidoro del campo）的梅迪纳公爵（duke of medina）陵墓中。
三年后（1550年），由于公爵需要空间，他的遗体被移至同一教堂的圣卡塔琳娜祭坛。
在遗嘱中，科尔特斯请求将他的遗体安葬在他命令建立的墨西哥科约阿坎（coyoacan）修道院中，但该修道院从未建成。
因此在1566年，他的遗体被送往新西班牙，并安葬在德特克斯科科（texcoco）圣弗朗西斯科教堂（San Francisco de texcoco），他的母亲和其中一位姐妹也被安葬在那里。