左宗棠在剿灭了北疆的阿古伯叛军后，便暂停了军事行动，着重恢复当地生产以及抢修公路，1万多的战俘除了让喀什葛尔汗挑选了1千人外，全部被用于修路，他不仅要把迪化至甘肃安西州的公路全面修成水泥路面的等级公路，还要修通迪化至伊犁的公路。
由于新疆被阿古伯祸害不轻，北疆本地根本没有能力提供足够的粮食，左宗棠只能不远千里由兰州经安西州从内地调运粮食，而华国的铁路才通到兰州，从兰州到迪化的铁路正在紧张施工中，所以，安西州到迪化的公路就至关重要了。
左宗棠已经把第三近卫军第七师调往伊犁府附近的晶河（地名）一带，准备和怯薛军一起接收被俄国占领的伊犁府，晶河也是没有能力提供粮食的，所以左宗棠只能通过飞艇来为第七师、怯薛军等提供补给。
负责和华国接洽交接手续的是俄国西西伯利亚地区署理总督伊凡·费奥多罗维奇·巴布科夫，此人正是1864年同清朝政府签定《中俄勘分西北界约记》的罪魁祸首，他对俄国放弃合约规定的44万平方公里领土非常不满，故迟迟拖住不肯交接。
左宗棠猜到巴布科夫可能是心有不甘，毕竟自己费尽心思为帝国弄回来的土地，还没捂热就又让人给拿回去了，搁谁碰到这事能够坦然接受？不过这是巴布科夫自己的事，左宗棠不会在意，左宗棠只是要拿回属于华国的领土。
至于利息嘛，以后慢慢再算。
所以，左宗棠给巴布科夫下了最后通牒：华国六年八月初八，公元1872年9月10日前巴布科夫的俄军不撤出华国领土，华军将强行开入伊犁地区，一切后果由俄国承担。同时这一最后通牒也通过华国外交部转发给了俄国外交大臣戈尔恰科夫。
巴布科夫在接到了俄内阁的严令斥责后，无奈于9月1日（七月二十九）从新疆伊犁、以及科布多、乌里雅苏台侵占土地上全部撤军，华军立即指派军队进入上述地区。
只是，南疆的喀什葛尔地区的被占领土，因为华军还没有收复南疆，中间隔着阿古伯的势力，华国依然无法接管，只能让俄国继续再管一阵。
第七师奉命进驻伊犁，师部携中营驻防在伊犁城（今霍城县惠远镇），各营（旅）则在四周各地驻防，掌控了整个伊犁地区。
伊犁地区是新疆少有的适合农耕的地方，伊犁河谷水源充沛、土地肥沃，可以种植水稻等农作物，原来长期为察合台汗国的统治中心，只要开发得好，完全可以不需要内地长途供给粮食，还可以向外提供粮草。
在左宗棠的眼里，华国要想稳固地掌控整个新疆地区，伊犁的作用不可或缺，只要能从内地迁移大批移民过来，用先进的农耕技术来充分开发伊犁，仅伊犁一地就可以养活超过2百万人，从而成为稳定整个新疆的定海神针。
随后，左宗棠专门邀请了喀什葛尔汗迈哈默特过来聊天，双方一番客套话过后，左宗棠开始提起请他过来商议的话题。
左宗棠：“汗王，你的部队现在训练的差不多，再过上两个月就可以出征了。只是汗王，你的南疆军才2千人，有点不太够啊。”
这话是说到迈哈默特心坎上了，他也为这事发愁。仅凭2千人的部队要掌握哈密问题不大，毕竟自己家族在那经营近200年，根基深厚。可要掌控整个喀什葛尔就有点异想天开的味道了，自己是外来户，没有足够的实力谁听你的。
迈哈默特：“本汗也为这件事头疼，一时找不到什么好方法，总督大人可有什么妙计？”
左宗棠：“本督对新疆不熟，那能想到什么妙计，只是觉得奇怪，这北疆一带还是有不少地方有兵源的，汗王为什么不去那里招募新兵。”
迈哈默特长叹一口气：“本汗也想啊。可是总督大人不知道，在哈密还有人听本汗的，出了哈密就没人理睬本汗了。”
左宗棠故作奇怪状：“不对啊，汗王可是皇上的大舅子，他们也敢不给面子？难不成他们想造反不成。”
迈哈默特：“总督有所不知，祖宗传下来的规矩，几百年来我们都是在领土内招募，跨地区就犯规了，到时候怕是所有人都不服，不好处理啊。”
左宗棠似乎恍然大悟般“哦”了一声：“原来如此啊，这就难办了。汗王知道我不太了解新疆，打下南疆后除了喀什葛尔还有六个地区需要人管理，我原本打算让汗王帮我举荐人才呢，现在看来只能寻找当地人了。难啊，现在的南疆人基本都和阿古伯有或多或少的联系，又怎么能让我放心使用呢？本督实在是太难了。”
迈哈默特听到左宗棠这么说，眼睛就开始发亮了，左宗棠的意思是再明显不过，就是要依靠自己的帮助去统治南疆，自己完全可以借此机会扩大影响力，甚至可以间接控制南疆其他地区，这样的好事哪里去找。
迈哈默特当然没想到，左宗棠说这些，本来就是要引导他这么做的。
迈哈默特：“如果总督大人信得过本汗，也不是没有办法的。本汗祖上自清朝康熙三十六年（1697年）起受封，在新疆一带不少地区都有联姻，对他们是知根知底，随时都愿意听从总督大人的调遣。”
左宗棠听后表现得很是欢喜：“好！那这事我就拜托汗王了，作为回报，汗王如果有什么需要协助的就尽管直言，本督一定尽量满足。”
迈哈默特对左宗棠的表现是非常满意，这算是投桃报李要协助自己了。于是也就不客气了：“总督大人，本汗还真有一件事要麻烦大人。本汗以及要推荐上任的伯克都是北疆人，如果要在南疆立足就必须把部众都迁移过去，这粮食方面就比较紧张了，总督大人可有办法解决？”
左宗棠迟疑了一下然后说道：“汗王，这粮草乃军用物资，本督也无权随便调拨。但本督这里有一个法子，我军进攻南疆只能击破叛军的军队，但民众参加叛逆的就无法分辨了，本督想请你组织人手来做这件事。
参与叛乱的老弱妇幼你们自己处理，抓到一个成年男子本督奖你们5石粮食，当然是要活的、不受伤的才算，有多少奖多少，汗王看怎么样？”
迈哈默特心里差点没乐开花，这买卖还能怎么样？当然是干了。本来自己去南疆统治就要收拾一部分不听话的人，现在这事竟然还可以换粮食，哪还有什么好说的。
于是两人很快就达成一致意见。