何忠经过了几个月筹备，打算海上围剿倭寇的老巢——双屿港。
并张榜公示，表示其余海商，如若主动检举吴家的罪行，则各家以往所犯违禁之事，一律不再纠治。
光这一条举措就让各海商大舒了口气，他们怕就怕的是何忠搂草打兔子，把所有海商都一网打尽。现在给他们留了一条路，那自然是竭尽所能，把所有脏水都往吴家身上泼了。
于是吴家从浙江大海商摇身一变，成为了大家口中的“巨盗”。吴家被冠上各种罪名，“通倭巨匪”、“阻塞海路”、“售卖军械禁品”、“私藏甲胄”、“私蓄兵马”等等，就差把密谋造反的罪名也给一起扣上了。
何忠于是行文南京征西大元帅府，请求远洋水师会同浙江、福建备倭军，一同会剿倭寇及吴家。
何忠从福建调来了水军，与浙江的水军，一起在温州集结。
何忠也亲自赶往温州城坐镇，并命两省水军就地休整，补给粮草、弹药、武器。
七日后，全军开往宁波府。
双屿港在舟山群岛中，隐藏在岛屿之间，大船难以入内，小船不熟悉地形又往往难以攻入，是以一直是倭寇盘踞的巢穴。
此时正是夏季，正值海商们出海前往日本经商的时节，也是倭寇运送物资归国的好时候。
何忠知道倭寇一定会出海，便命令两省水军向双屿港进发，伺机发起战斗。
七月五日，郑和派遣水师一部，大小战船五十余艘，战兵两千人前来助战，并在外海布置下来，随时准备拦截逃跑的倭寇。
七日，福建水军发现双屿港驶出三桅海船一艘，便抵近要求其停船，不想该船随即开始逃跑。
于是福建水军便开始追击。
何忠有命令，首战不要击沉敌船，而是要生擒。
明军各船聚拢后，水军拿起火铳瞄准敌船射击，敌船上则用强弓劲弩进行反击，双方打得不可开交，互有死伤，但敌船始终没有落败，仍在负隅顽抗。
于是明军便派出数艘船只开始向敌船靠拢，准备跳帮作战。
终于，福建水军的士卒率先登上敌船，跳上敌船与贼寇进行白刃战，这时候明军的卫所兵还是有战斗力的，与海盗、倭寇们近战拼杀也不落下风，在激战之中敌人落水者不计其数，最终，该船被明军擒获。
此战，明军生擒真倭二人、中国海盗五十三人，其中据信是吴家豢养的武装家丁十九人，阵斩倭寇服色者十七人、汉家衣冠者四十八人。
还缴获了旧式碗口铳两支、火门枪五杆、藤牌二十三面、倭刀十四把、长枪六十杆以及战鼓、旗帜等物若干。
首战告捷，虽然斩获数量不大，但是令士卒们士气大振。
将士们都自告奋勇，表示要攻入双屿，与倭寇决一死战。何忠知道将士们急于求战，好早点回家，便严令诸军沉住气，先围而不打，反正这时候最急的应该是倭寇。
果然几天之后，从双屿港中突出来两条小船，不出意外是倭寇派出的试探，明军便也派出几条小船前去迎敌。
明军中有个小旗官名叫李晃的，善使火铳，他命人拿来火绳枪，装填完毕，抵近后瞄准诱敌的小船，一枪命中一人，那人应声倒下，生死不明。
船上其余明军纷纷激动地大喊，“节级好准头！”
这一枪应该是打中了的，因为倭寇派出的那两艘小船来了个180°大转弯，拼命逃回了双屿，然后一连两天，再也没人敢出港。
明军便继续围困，双屿港也是一连几天毫无动静。
到了围困的第七日，早上寅牌时分，此时天将亮未亮，正是将士们睡得最死的时候。
双屿港中突然一股脑冲出了上百艘船只，何忠连忙传令明军各战船出击。
顿时各路官兵奋勇夹击，俘斩溺敌达数百人。
明军趁机攻上双屿岛，擒获多名倭寇小头目以及吴家家主的几个儿子。
不过此时上百艘船只如同炸了窝的兔子一般四散奔逃，浙江、福建两省水军追之不及，竟被好几十艘船突出了包围圈。
外围则是郑和的远洋水师，水师可不跟你玩虚的，见有贼船跑了出来，纷纷开炮。
顿时海面上腾起了一道道水柱，不时有贼船被击中、打穿了船身，然后就跟溺水的人一般咕嘟咕嘟进了许多水，渐渐倾覆。船上的人则纷纷跳入水中，作鸟兽散。
双屿岛剿倭后，整个浙江、福建沿海都像炸锅一般，各个走私的海船都不敢靠岸，只得在海上游荡。
一时之间竟然聚拢了数百艘走私船，干走私的都是刀头上舔血的买卖，一个个都不是善茬。
他们经过串联，一同前往福建月港避风头，打算在那里登陆，以躲避何忠的进讨。
没想到走私商们又失算了，远洋水师先行一步赶到，在月港布下天罗地网，他们见了贼船就一顿猛轰，又不知道击沉了多少艘走私船和倭寇的贼船。
于是这些船又连忙四散，继续往南奔，准备逃往福建、广东交界。
何忠的职权管不到广东，他便命福建水军在两省交界处一个名为西屿岛的地方设伏。
西屿岛地形奇特，船只可以掩藏在岛后面，而不被南下的船只所发现，是个海上设伏的好地方。
南下的走私船以及倭寇的贼船到了西屿岛附近，便停船靠岸，登陆休息。
没想到明军水军从西屿岛中冲出，包抄了上来，切断了贼船的后路。
陆上，何忠指挥备倭军会同乡勇们，一同向走私商及倭寇组成的武装团体发起了总攻。
走私商及倭寇组成的武装团体当然不敌，于是又跑！
少量船只又逃到了广东地界，何忠见状，也顾不得这么多了，追！