经历了与神秘势力的激战，琴音学院上下一心，加强了戒备与修炼。伯牙、瑶姬和吴邪深知，唯有深入探究琴音的根源与奥秘，才能在未来的对抗中掌握更多的主动权。
一日，伯牙在整理琴谱时，偶然发现了一本尘封已久的古谱。这本古谱的纸张泛黄，散发着陈旧的气息，上面的字迹古朴而神秘，似乎隐藏着无数不为人知的秘密。
伯牙轻轻翻开古谱，那晦涩难懂的音符与标记映入眼帘。他试着弹奏其中的片段，发现这些琴音中蕴含着一种极为古老而强大的力量，与他平日所弹奏的琴音截然不同。
瑶姬和吴邪听闻伯牙的发现，赶忙前来查看。瑶姬仔细端详着古谱，她的眼神中闪烁着奇异的光芒：“这古谱绝非寻常之物，我能感受到其中蕴含着来自远古的灵韵，或许与琴音的起源有着莫大的关联。”
吴邪则从考古学的角度分析道：“这古谱的年代应该十分久远，从纸张的质地和书写的风格来看，很可能是某个早已失传的古代音乐流派所流传下来的。如果我们能解读其中的内容，说不定能找到克制神秘势力的新方法。”
于是，三人决定共同研究这本古谱。他们日夜钻研，伯牙凭借自己精湛的琴艺，一次次尝试弹奏古谱中的琴音，试图理解其中的精妙之处；瑶姬运用自己对音乐灵力的感知，解读古谱中隐藏的灵韵与法术；吴邪则在古籍资料中寻找线索，试图还原古谱产生的历史背景与文化内涵。
在研究过程中，他们发现古谱中频繁提到一个名为“灵音圣境”的地方。传说中，那里是琴音力量的源泉，汇聚着世间最纯粹、最强大的音乐之力。但同时，那里也隐藏着诸多危险与考验，只有通过重重难关的人，才能获得灵音圣境的认可，领悟到琴音的至高奥秘。
随着对古谱研究的深入，他们还发现了一些关于神秘势力的蛛丝马迹。原来，这个神秘势力在很久以前就曾妄图染指灵音圣境，但被当时的守护者们击退。如今，他们卷土重来，目标依然是掌控灵音圣境的力量，以实现其统治世界的野心。
伯牙皱起眉头：“如此看来，我们必须尽快解开古谱的秘密，抢先一步找到灵音圣境。否则，一旦让神秘势力得逞，后果不堪设想。”
瑶姬点头道：“但这古谱中的谜题太过复杂，我们还需要更多的时间和智慧。”吴邪沉思片刻后说：“或许我们可以召集琴音学院的师生们，众人拾柴火焰高，说不定他们能提供一些新的思路和见解。”
伯牙和瑶姬认可了吴邪的提议。于是，琴音学院掀起了一股研究古谱的热潮。师生们纷纷投入到对古谱的解读中，他们各抒己见，从不同的角度对古谱进行分析和探讨。
在众人的共同努力下，一些原本晦涩难懂的部分逐渐被解开。他们发现了通往灵音圣境的大致路线，但同时也得知，在这条路上布满了各种与音乐相关的机关和考验，需要凭借对琴音的精准掌控和深厚的音乐素养才能通过。
正当他们为取得的进展而感到欣喜时，神秘势力似乎也察觉到了琴音学院对古谱的研究。凌虚子派出手下暗中潜入琴音学院，试图窃取古谱。
一天夜里，几个黑影悄悄潜入了存放古谱的琴室。但他们刚一踏入琴室，就触发了瑶姬设下的灵音警报。伯牙、瑶姬和吴邪迅速赶到，与潜入的神秘人展开了一场激烈的搏斗。
在搏斗中，神秘人施展出各种邪恶的音乐法术，但伯牙等人早有防备。伯牙弹奏出凌厉的琴音，如剑一般刺向神秘人；瑶姬施展灵音护盾，保护着众人并反击；吴邪则利用自己的敏捷身手，与神秘人近身周旋。
最终，神秘人不敌，仓皇逃窜。但经过这次事件，伯牙等人意识到，时间紧迫，他们必须加快对古谱的研究和对灵音圣境的探索，否则将陷入极为被动的局面。