朝堂之上，诸事繁杂，犹如一团乱麻，千头万绪，亟待梳理。崇祯深知，欲使南明政权得以稳固，绝非一朝一夕之功，只能循序渐进，慢慢将其理顺。
而在当下这诸多事务之中，对于崇祯而言，最为关键且紧迫之事，自然当属全力整顿好南明政权的防线，以抵御外敌的侵袭，守护大明的半壁江山。
崇祯的战略防御思想倾向于保守，此乃事出有因。他对目前明军的整体战斗力并未抱有过高期望，毕竟历经多年的战乱与动荡，明军的士气、训练水平以及装备状况皆参差不齐，难以令人乐观。再者，执掌重兵的将领之中，能够真正让崇祯信赖、委以重任的可靠人选实在是寥寥无几。在这种情形之下，崇祯认为当务之急乃是先稳固防守这半壁江山，确保根基不失，而后再谋划其他长远之计，方为明智之举。
当务之急，南明朝廷急需沿长江构建起第一道坚固防线，长江作为天然的屏障，若能善加利用，可在一定程度上阻挡敌军的南下步伐。
守长江，必先拥有一支能够有效封锁长江水域的强大水师力量，此乃重中之重。故而崇祯毅然下诏，调冯铠章所部水师移防采石矶，此地地理位置险要，是长江防线的关键节点之一；令黄斌卿驻守九江，九江乃长江中游的重要枢纽，掌控此地，可对中游江面形成有力威慑；又命郑鸿逵驻镇江，镇江位于长江下游，与扬州隔江相望，共同构成了长江下游的防御核心。通过这一精心部署，初步构建起了长江防线的基本框架。
并且，崇祯决心在此基础上大力扩充水军力量，力求打造一支水上劲旅。
他将长江沿线细致地划分为多个防区，依据各个防区水情的不同特点，有针对性地配备相应的水军舰队，以实现因地制宜、灵活防御的战略目标。
在长江下游的扬州、镇江一带，江面宽阔，此处将组建以楼船、艨艟为主力的大型水军舰队。楼船，体型高大坚固，可作为水上移动堡垒，其宽敞的甲板之上能够搭载大量士兵和威力强大的火炮，在江面上形成一股强大的威慑力量；艨艟则小巧灵活，穿梭于江水之间，速度极快，适合在江面上进行快速机动和出其不意的突袭作战，二者相互配合，相得益彰，可有效掌控长江下游的水域。
而在长江中上游的武昌、九江等地组建的水军部队，则侧重于内河作战的小型战船，如快舟、舢板等。这些小型战船在狭窄江段如鱼得水，能够自如地进行巡逻和防御任务，可时刻警惕着敌军的一举一动。
为了能够迅速提高水军的战斗力，崇祯另辟蹊径，下令水师从沿海地区招募有丰富经验的渔民，甚至不惜收编海盗加入水军队伍。这些渔民和海盗常年在水上生活，熟悉水情变幻，精通航海技术，他们的加入能够在短时间内显着提升水军的作战能力，使其在长江之上更具战斗力与适应性。
当然，防守长江绝不能仅仅依靠水师的力量，还需在长江两岸的战略要地合理部署陆军，使其与水军相互配合，协同作战，方能构建起一道坚不可摧的防线。
在长江北岸的瓜洲、浦口等重要渡口和战略高地，崇祯下令修筑坚固的营寨、堡垒。这些堡垒采用砖石结构精心建造而成，墙体厚实无比，犹如铜墙铁壁，坚不可摧。堡垒之上设有高耸的了望塔，士兵可于其上极目远眺，洞察敌军动向；设有众多射孔和火炮发射口，可在敌军来犯时给予其猛烈的火力打击。堡垒内部储存有大量的粮草、弹药和各类武器装备，如一座巨大的军事仓库，确保守军在长时间的坚守中物资充足。堡垒周围则挖掘深壕沟，阻挡敌军的进攻步伐；设置鹿砦、拒马等障碍物，让敌军寸步难行。这些北岸营寨之间通过烽火台和快马传递信息，一旦发现敌军有渡江的迹象，能够迅速相互通报并做出及时有效的反应，形成一张紧密相连的情报网，确保信息的畅通无阻。
在长江南岸构建多层次的防御体系。靠近江边的地带，精心修建一系列的炮台。炮台的位置经过反复勘察与精心选址，确保能够覆盖江面的主要航道，使其在防御作战中发挥最大的作用。炮台上配备各种口径的火炮，如红夷大炮等重型火炮，其射程远、威力大，可用于远距离轰击敌军的战船，使其在尚未靠近南岸时便遭受重创；以及虎蹲炮等轻型火炮，用于近距离防御，其操作灵活，可对近距离的敌军目标进行精准打击。炮台后方，构筑城墙和城寨。城墙高大坚固，犹如巨龙蜿蜒盘旋于江边，城墙上设有雉堞，可供士兵隐蔽和射击，为士兵提供了良好的防御掩护。城寨内设置兵营、仓库和指挥中心等设施，形成一个完整的防御节点。各个防御节点之间通过道路和壕沟相连，方便军队的调动和支援，确保了整个防御体系的有机运转。
“守江必守淮”，此乃军事战略中的经典名言，亦是崇祯心中坚守的理念。
除了沿长江建立第一道防线之外，还需沿淮河建立第二道防线，这也正是江北四镇存在的战略意义所在。
淮河位于长江以北，流域广袤无垠，从西部的桐柏山、大别山延伸至东部的黄海之滨，犹如一条巨龙横卧在大地之上。若仅仅防守长江，长江防线将直接暴露于敌军面前，犹如一座无依无靠的孤岛，极易遭受攻击。而以淮河为第一道防线，则可将防御纵深向北扩展数百千米，大大增加了敌军进攻的难度与成本，为南明政权赢得更多的反应时间与战略空间。
淮河一线地形复杂多变，西部有山地，如桐柏山、大别山等山脉巍峨耸立，峰峦叠嶂，可作为天然的屏障。这些山脉地势险峻，悬崖峭壁林立，不利于大规模骑兵作战，步兵在此则可凭借山势之险进行顽强防御，令敌军望而却步。东部淮河下游有湖泊、沼泽等湿地，星罗棋布，形成了天然的障碍。例如洪泽湖、高邮湖等湖泊周围地形泥泞不堪，形成一片片泥潭沼泽，敌军若贸然进入，必将深陷其中，难以迅速通过。而防守方则可利用湖泊的掩护进行偷袭或设伏。
江淮地区水系发达，淮河与长江之间有众多的支流、运河相互连接，如邗沟等。这些水系形成一张纵横交错的水网，为军事运输和调配提供了极大的便利。若能够守住淮河，就可以充分利用这些水系进行军事运输和兵力调配。一方面，明朝军队的物资和人员可以通过运河等水系快速运往淮河前线，确保前线的物资充足与兵力补充；另一方面，在淮河沿线作战时，军队可以借助水系进行灵活的战术转移，或迂回包抄，或迅速撤退，使敌军难以捉摸。同时，水系也对敌军的行动构成了严重限制，敌军如果要渡河作战，就需要面对复杂的水情和防守方的水上防御力量，举步维艰。
在淮河与长江之间有许多重要的战略据点，如寿州、扬州、淮安等，犹如一颗颗璀璨的明珠镶嵌在这片土地上，其战略地位至关重要。
寿州位于淮河中游南岸，是淮河流域的交通枢纽之一，掌控着淮河干流的脉搏，是控制淮河干流的关键战略要地。其北临淮河，东靠八公山，依山傍水，地势险要。八公山山势雄伟，既可为寿州提供天然的防御屏障，又能作为军事制高点进行了望和布防，就如一位忠诚的卫士，时刻守护着寿州的安全。寿州能够辐射淮河中游的广大区域，是阻止北方敌军沿淮河东西向机动的关键节点。无论是来自东边的扬州方向，还是西边的信阳、驻马店方向的军事力量，在进攻长江流域时，都不得不考虑寿州的军事存在，因为若要攻克长江流域，必先攻克寿州。而寿州坚固的城防和周边精心部署的军事力量，则是一道坚固的枷锁，能够让敌军付出惨重的代价，望而却步。
扬州位于长江北岸、淮河入江口附近，地理位置得天独厚，是江淮地区的重要交通枢纽。大运河贯穿其中，使其成为江、淮、河运的交汇点，犹如一个交通枢纽的核心，连接着四面八方。在防守淮河时，除了扬州城自身坚固的城防是防御北方敌军南下的重要力量外，扬州还能够保障后勤运输线路的畅通无阻。明朝的物资和军队可以通过长江和运河源源不断地运往扬州，然后再转运到淮河前线，犹如一条生命补给线，为前线提供了坚实的后勤保障。另外，它对于防御来自沿海地区敌军的进攻意义非凡，若敌军从海上登陆或者沿海岸线南下，扬州能够迅速组织有效的抵抗，变成一座坚固的海上堡垒，防止敌军深入江淮内陆，从而保护淮河下游地区的安全，成为江淮地区的一道坚固防线。
淮安位于淮河下游，地处黄淮平原东部，处于淮河与大运河的交汇处，是连接南北交通的咽喉要道，就像一把关键的锁钥，掌控着南北交通的命脉。守住淮安可以防止敌军从淮河下游突破，北上威胁徐州，南下威胁扬州和长江北岸地区。同时，因其位于运河之上，南方的粮草、物资等通过运河运往淮河前线时，淮安是重要的转运和储存基地，也是一个巨大的物资中转站，确保了物资的顺利流转与储存。
除了这些地方外，还有位于淮河以北的徐州。徐州周围群山环抱，东有云龙山，南有户部山等，地势较高，就是一座天然的堡垒。它虽然位于淮河以北，但却是淮河防线的重要北方门户，是南北交通的要冲。从北方南下的军队往往需要经过徐州才能到达淮河地区。控制徐州，就是在淮河防线以北建立战略缓冲区，可提前预警敌军的南下动向，犹如远方的哨兵，时刻警惕着敌军的动静；又可主动出击，对北方敌军进行袭扰作战，犹如一把插入敌军后方的利刃，打乱敌军的部署。即便徐州失守，也可为淮河防线的军队争取到足够的调整和准备时间，作为一道缓冲的屏障，减轻淮河防线的压力。
如今四镇之中黄得功、李成栋已宣誓效忠崇祯，刘良佐、刘泽清也落入崇祯的掌控之中，形势看似一片大好。然而，崇祯深知，对四镇的掌控，尤其是对刘良佐、刘泽清所部的掌控却依旧十分薄弱，就如手中握着的一把松散的沙子，随时可能流失。
为了能够进一步集权，崇祯毅然重设大都督府，试图将军权重新牢牢掌握在自己手中，构建起一个强有力的军事指挥中枢。可目前的大都督府才刚刚起步，还只是个空壳，尚需深入地对军队进行全面整顿，使其逐渐成长壮大，发挥出应有的作用。
在广泛征求了史可法、黄得功、黄蜚、李若琏等人的宝贵意见之后，崇祯经过深思熟虑，决定对四镇进行大刀阔斧的整合：
黄得功坐镇扬州，镇守滁州、和州、扬州地区，凭借其威望与实力，确保这一地区的稳定与安全；李若琏坐镇寿州，镇守凤阳、寿州地区，充分利用寿州的战略优势，构建起坚固的防线；李成栋坐镇徐州，镇守徐州、泗州、淮安地区，掌控淮河以北的重要门户与战略要地；黄蜚坐镇南京，总领长江防务，犹如一位水上统帅，统筹全局，确保长江水域的安全。
经过此番精心整合后，江北四镇就如一副重新洗牌的牌局，焕然一新，这些军事力量将彻底被崇祯所掌握，犹如被驯服的骏马，听从主人的指挥。而江淮的防线也将因此得到全面稳固，犹如一座坚固的长城，屹立在大明的土地上，抵御着外敌的入侵。
安排好江淮防线，崇祯却丝毫不敢松懈，犹如拉紧的弓弦，时刻保持着警惕。
因为接下来还有一项极为重要的事情亟待他去谋划与实施，那就是出兵北上，与大顺、清廷争夺河南、山东等地，收复失地，重振大明的雄风，此乃关乎大明命运的关键之战，崇祯深知其任重而道远。