与此同时，华中总督杨嗣昌，西南总督张伯鲸，华南总督瞿式耜率军到达各省后，经过周密的部署，相继采取雷霆手段，以强大的武力，全面控制各省卫所军队，开始了旧军队的整肃整编整训。
云南昆明。
三月的昆明气候宜人，空气格外清新，蓝天白云之下，滇池的湖水愈发湛蓝，湖光山色交相辉映，正是城中达官贵人游玩的好去处。
若是往常的时候，滇池周边早已经是车水马龙，人满为患，但如今滇池周边的人影明显稀疏了许多，大多数人不由自主的将注意力放在了城中的黔国公府和云南都司衙门，无心游玩。
秦良玉率领川军第三师突然包围了黔国公府和云南都司衙门，紧接着新任西南总督张伯鲸率领皇家卫队西南纵队进入昆明开始接管昆明各地卫所。
黔国公沐昌祚及其全家被拘押审查，昆明大变天。
……
漕运总督府治所淮安。
淮安作为漕运枢杻、盐运要冲、南船北马交汇之地，与苏州、杭州、扬州并称为京杭大运河沿线“四大都市”。
京杭大运河始建于春秋时期，完成于隋朝，繁荣于唐宋，取直于元代，疏通于明清。漫长的岁月里，经历三次较大的兴修过程，最后一次兴修完成才称作京杭大运河。
京杭大运河是世界上里程最长、工程最大的古代运河，也是最古老的运河之一。
大运河南起杭州，北到北京，途经浙江、江苏、山东、河北、天津、北京，贯通海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系，全长约1800公里。
京杭大运河全程分为通惠河、北运河、南运河、鲁运河、中运河、里运河、江南运河七段。串联通州、天津、沧州、临清、聊城、徐州、淮安、扬州、镇江、常州、苏州、杭州等城镇。
北京的什刹海、后海、积水潭一带，为京杭大运河漕运的终点，千帆竞泊，热闹繁华。积水潭比较大的码头、最热闹的景象集中在离鼓楼最近的银锭桥、烟袋斜街一带。
当时的文人雅士汇集在积水潭边赏酒作文，酒楼、客栈、妓院等服务业非常繁荣。
通州古诗云，一支塔影认通州。燃灯塔矗立在大运河的北端，是京门通州的标志性建筑。明代漕运鼎盛时，天津到通州的北运河上，来往的漕船每年有二万多艘，共分十帮，商船三万艘，官兵12万人次。
北运河和南运河在天津会师，又在这里被海河一齐送入渤海，使小小的直沽发展成了远近闻名的天津卫。
京杭大运河加强了南北交通和交流，巩固了中央对全国的统治，加强了对江南地区的经济建设，促进了中原文化和南方文化相融合，方便了南粮北运。
成为了大明政治统治和经济、物资运输赖以维系的交通生命线。
1855年黄河改道后，运河山东段逐渐淤废。从此漕运主要改经海路。1911年，津浦铁路全线通车，京杭大运河以及沿线城市的地位一落千丈。
京杭大运河又称漕河，通过漕河运输称漕运，通过漕运运输的粮食称为漕粮。
明代经济重心南移，出现了政治、军事重心与经济重心分离的状况，漕运对于明朝的政治、军事意义更加突出。
明朝时期，废除了海上运输，国内运输基本靠漕运，漕运越发重要。漕粮不仅供应京城的日常食粮，支撑着中央的正常运转，还支撑北方的军事体系。
漕运是专制集权政治的产物，也是朝廷攫取天下财富的手段之一，为满足国家正常的行政开支和皇室消费，耗费了大量人力、物力和财力。
随着商品经济的发展，南北物资交流的需求大增，大运河也成为商运之河、民运之河。漕船不仅允许载客运输，所带货物也日益增长，漕船贸易日趋活跃。
南方的粮食、丝绸、布匹、茶叶、糖、竹、木、漆、陶瓷等源源不断运往北方，北方的松木、皮货、煤炭、棉花等也不断由运河南下。棉布和丝织品几百年来一直是运河上的主要货物。
漕运方法历经改革，在明代趋于完善，有支运法、兑运法、改兑法三种。
为了适应漕运的需求，在运河沿线的淮安、徐州、德州、临清建立若干粮仓。便于随时储存和转运漕粮，由户部每年派出主事四人分管。
淮安最知名的粮仓常盈仓每年可储漕粮70万余石。每年漕船到达淮安后，需接受漕运总督衙门的盘查，上万艘粮船的船工水手、漕运官兵在此停留，南来北往的商人在此进行货物交易，旅客也在此盘桓。因此促成淮安城市的繁荣。
漕粮装运、征收、行船次序、期限管理及至运送时间、航行里数都有繁杂的制度。
由于漕政腐败，各级官府贪污聚敛，船帮胥吏勾结，耗米、耗费横收暴敛，通常为正粮的二三倍，甚至四五倍，苦的是承担漕粮、漕运的老百姓。
农民被应役运粮，荒时废业，又遭风涛漂没，官吏勒索，生活异常艰辛，被迫纷纷逃亡和反抗。一般运军下层，亦遭受同样的苦累及长官的克扣，不断出现逃亡现象。
为确保这条生命线的畅通无阻，明廷专门设置了直属中央的京杭大运河地方管理机构漕运总督，不计成本地从政治、经济、军事等方面给以保障。
漕运总督全称为总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道，始设于景泰2年，驻节于南直隶淮安府城，品级为从一品或正二品。
漕运总督下设中军、左营、右营、城守营、水师七营亲辖武装，以及专职漕粮运输的运军约12万人，拥有运船余只，海船350只。
另设置理漕参政、巡漕御史、郎中、监兑、理刑管洪、管造船主事、管闸主事等官员达270多人。
漕运总督还统领颍州兵备道、徐州兵备道、淮扬海防道、中都留守司、南直隶庐州卫、扬州卫、高邮卫、仪真卫、滁州卫、徐州卫、淮安卫、大河卫、邳州卫、沂州卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫以及洪塘守御所、海州中守御所。
总督天下漕运事务是漕运总督的核心本职。漕运总督节制南直隶、浙江、江西、湖广、河南、山东六省漕粮，于每省设正四品督粮道负责漕运。
淮安俨然是一个行省，漕运总督不仅是一个专业官员，也是一方大吏，而淮安则是一个准省级城市。
漕运总督要像其他督抚那样，总理全省军政事务，包括督理钱粮、操练兵马、修理城池、抚安军民、禁革奸弊等事项。如有战事发生，可以选将调兵，组织备战。
漕运总督巡抚凤阳等处，包括淮安府、扬州府、凤阳府、庐州府，和州、滁州、徐州四府三州。凤阳府、庐州府、和州、滁州在安徽，庐州府即合肥，包括了长江以北整个淮河中下游地区。
凤阳是太祖朱元璋的老家，虽然开府淮安，却不称巡抚淮安而称巡抚凤阳。凤阳巡抚辖地虽然与南直隶交叉着，但他仍然要对他所辖范围内的事务负责。
漕运总督兼管河道，即兼管运河、黄河等河道的治理。
漕运总督不仅管理跨越数省长达1800公里的漕运事务，还要兼任凤阳巡抚，经常忙不过来，所以有时又单独另设凤阳巡抚。
漕运总督属于肥差，与绅粮大户、漕帮或青帮关系密切，内幕甚多。
崇祯时期，漕运总督又多了兼理海防。
南直隶海防很核心的一点即是围绕留都的安危展开，应天府为南直隶的心脏。驻太仓苏松、驻江阴常镇、徐州、扬州四个兵备道以及驻泰州的淮扬海防道为应天府的屏障。
镇江府的海防据点为南京门户，苏松两府海防据点是南京的屏障。常州府当长江入海口，扬州府的军营和守备比较密集。
在南京内外守备统率下，南京的军事力量基本集中在应天府，加上南京三大营和操江提督掌控的应天府附近水军武装力量，南京的防卫理论上固若金汤。