五城兵马司和巡捕营经过整肃，花名册编制约2万人，实际人数约1万人。按照军队整肃整编整训条例，约5000名违法犯罪人员被严厉惩处，以五城兵马司提督张兆圣、巡捕营参将孙文亮、崔继光、黄涪为首的约2000人被判处绞刑。
这些人官不大，胆子大，对普通老百姓敲诈勒索、巧取豪夺、栽赃嫁祸、草菅人命，让很多老百姓卖儿卖女、家破人亡。
这些基层小官酷吏的违法犯罪行为，严重败坏了朝廷的形象。让普通老百姓直接体会到社会的黑暗，催生了对朝廷、对皇帝的仇恨，不杀不足以平民愤。对于五城兵马司和巡捕营的违法犯罪人员，从重从严处理，可杀可不杀的坚决杀。
通过五城兵马司和巡捕营的整肃，抄没家产现银约250万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约120万银元，土地约50万亩。
上直25卫、五军都督府在京37卫和昌平通州团练经过整肃，花名册编制约34万人，实际人数约17万人。
按照军队整肃整编整训条例，约8500名违法犯罪人员被严厉惩处，其中金吾卫守备胡楫、忠顺营游击平四知、通州卫游击杨应瑞、游击马旷、汪登瑞、汪沽恩等约850人被判处绞刑。
抄没家产现银约400万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约200万银元，土地约85万亩。
五军都督府和京营经过整肃，花名册编制约18万人，实际人数约9万人。
按照军队整肃整编整训条例，约4500名违法犯罪人员被严厉惩处。泰宁侯陈良弼、武安侯郑惟孝、丰城侯李承祚、崇信伯费天泽、襄城伯李守锜、遂安伯陈玮、宁晋伯刘天锡、武进伯朱自洪、广宁伯刘嗣爵、彭城伯张嘉猷、南和伯方一元、成安伯郭祚永、靖远伯王永恩、南宁伯毛茂龙、丰润伯曹匡治以及京营参将游击千户杨愈懋、郑登云、王继、孙应奎、徐镇都、杨茂都、陈正论、周复元、薛永寿、谢弘仪、郭威振、沈勋、郭钦、金汝佐、许世臣、张雄任、薛来胤、梁甫、王问、陈有继，薛永寿、游击徐镇都、张雄任等约450名官兵被判处绞刑。
抄没家产现银约1700万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约800万银元，土地约60万亩。勋贵们贡献了绝大部分。
边军密云镇、昌平镇经过整肃，花名册编制约人，实际人数约4万人。
按照军队整肃整编整训条列，约4000名违法犯罪人员被严厉惩处，昌平镇总兵达奇勋、副总兵白慎修、游击周尚斌、袁勋、孟吉、张万寿、李同春、张鸿功，密云游击白应、马载道、袁应毂等约400人被判处绞刑。
抄没家产现银约200万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约100万银元，土地约40万亩。
天津海防营、天津团练和援辽驻军经过整肃，花名册编制约人，实际人数约人。
按照军队整肃整编整训条例，约1500名违法犯罪人员被严厉惩处，天津总兵王学书、天津兵备贾之凤、海防游击刘毓俊、苑攀龙、胡应武、援辽军南京京营游击张超、张茂勋等约150人被判处绞刑。
抄没家产现银约30万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约15万银元，土地约7万亩。
顺天巡抚李瑾、通州巡抚王国祯、顺天府尹陈大道、府丞邵辅忠、刘蔚于等官员被秘密控制。
四卫营、勇士营、锦衣卫、东厂、五城兵马司、巡捕营、上直25卫、五军都督府在京37卫、昌平通州团练、京师三大营、密云镇、昌平镇、天津海防营、天津团练和援辽驻军花名册编制总计约68万人，实际人数约36万人，其中约人涉及违法犯罪。
不仅吃空饷情况严重，违法犯罪率也非常高。如此军队怎能打胜仗。
按照军队整肃整编整训条例，四卫营、勇士营、五城兵马司、巡捕营、上直25卫、五军都督府在京37卫、京师三大营、密云镇、昌平镇、天津海防营、天津团练和援辽驻军裁撤编制。军产军资由皇家卫队接管，被挪用侵吞的军产军资进行追讨。
剩下约31万人，其中约9万老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，发放退伍费遣返原籍或就地安置为民。
甑选整编3个师名青壮，进行为期半年的封闭军事训练和文化学习。其它约18万人整编为工程部队加入中华建筑民工大军。
通过京城军队的整肃，天津海防游击贺虎臣、昌平镇游击汤九州、京营参将孙应元、游击周遇吉、贺珍、徐文朴、姜应魁，以及毛维张、任之华、王忠、李忠、杨二虎、乙邦才、马应魁、庄子固、楼挺、江云龙、李豫、陶国祚、许谨、冯国用、陈光玉、李隆、徐纯仁、李大忠、孙开忠、解学曾、高其勋、陈正、王承宪、翁之琪、朱旻如、刘世勋、鲁之玙等一大批为大明尽忠殉国的忠臣良将被发现，这些人才全部送入皇家军事大学进行半年的封闭进修学习。
贺虎臣出生于1590年，保定人。历任天津海防游击、登莱参将、兖州参将。天启6年任延绥副总兵。崇祯2年任宁夏总兵，崇祯6年，林丹汗率五万蒙古骑兵入寇，贺虎臣寡不敌众，英勇殉国。
汤九州出生于1595年，南直隶池州府石埭人。累官至昌平副总兵。崇祯时与农民军作战，战败殉国。
孙应元出生于1599年，历任京营参将、训练勇士营、京营副总兵、总兵。崇祯15年与农民军作战，孤军无援，英勇殉国。
周遇吉出生于1600年，字萃蓭，辽东锦州人。周遇吉少时有胆量气力，喜好射猎禽兽。历任京营游击、前锋营副将、山西总兵。崇祯17年死守宁武关，战败殉国。
泰昌元年11月24。
被严厉惩处的违法犯罪人员陆续押往唐山重工业基地矿场执行劳动改造。
判处绞刑的太监宫女400人、四卫营和勇士营30人、锦衣卫和东厂4000人、五城兵马司和巡捕营2000人、上直25卫和五军都督府在京37卫850人、五军都督府和京营450人、边军400人、天津海防营和天津驻军200人，总计约8300人被押往永定门外执行绞刑，轰动朝野。
王安、黄钧庭、崔文升、卢受、邹义等几名太监因牵连红丸案，暂缓执行。
被抄没家产，废黜爵位、判处绞刑的勋贵，念其祖上的贡献，网开一面，免除死罪。本人及其老婆、子女在卧佛寺集训营里面的一处特别集训营关押，进行长期的军事集训和政治思想教育。能否恢复自由，看改造表现。
《中华时报》《内参》将被判处绞刑罪犯的罪行公之于众，被惩处的官员作为反面教材大肆宣传。
普通老百姓大仇得报、沉冤昭雪，无不拍手称快，到处燃放鞭炮进行庆祝。
京城、顺天府地区军队整肃时，牵连出一大批官员。
朱由校安排新锦衣卫国安部孙忠国、监察部周忠实成立贪腐窝案专案组，秘密进行调查，收集证据，追查其它违法犯罪行为，必要时秘密控制。军队整肃暂时不扩大范围，时机还不成熟，让涉及贪腐窝案的官员再蹦跶几天。