【朱由楥死后，隆武帝将自己对大明未来的期望全部寄托在了朱由榔身上，甚至对臣下说道：“朕观此子仪表非凡，气宇轩昂，他日必成大器，朕相信，这天下将来一定是永明王作天子的。永明王乃神宗之孙，其身份正统无比。朕如今尚无子嗣，朕百年之后，皇位应当传给永明王，由他来继承大统，延续我大明江山社稷。”
不管隆武帝这种说法有多久口不对心，就如同当年景帝代替英宗当皇帝，还专门立英宗的儿子为太子一样，但至少说明朱由榔在宗法体制上跟朱由崧一样才是正统的大明皇帝继承人。
正所谓，天有不测风云，人有旦夕祸福。不久之后，隆武政权不幸覆灭，隆武帝也绝食自尽。由于事发突然，隆武帝还来不及下令让朱由榔袭封桂王。
隆武政权覆灭的噩耗传到广西后，当地的南明文武官员们陷入了混乱和焦虑之中。他们深知，没有一个统一的领导核心，南明的抵抗力量将会被各个击破。于是，他们开始议论起拥立一位新的君主的问题。
在这个关键时刻，瞿式耜挺身而出，提出了立朱由榔为帝的建议。他认为朱由榔作为神宗嫡孙，具有无可争议的正统地位，能够得到各方的支持和认可。他的提议得到了众人的一致赞同，大家纷纷表示愿意拥立朱由榔为帝。】
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“嫡孙？他们还真是敢信口胡诌啊！朕连嫡子都未曾有过，又何来的嫡孙呢？”万历皇帝忍不住吐槽了一番朱由榔后，便不再多言。此刻的他心中挂念着更为紧要之事——接见林丹汗的使者，一同商讨双方联合出兵进攻努尔哈赤的事宜。
遥想往昔，若是提及此类联合作战之举，朝堂之上的那些大臣们必定会群起而攻之，表示强烈反对。然而如今时过境迁，局势已然大不相同。
大臣们不是担忧被冠以东林党的名号，就是害怕背负上清廷走狗、准备投降清朝的恶名。于是乎，众人纷纷转而极力支持剿灭位于辽东地区的满清势力，甚至还有一部分大臣主动请缨，恳请向王公大臣、进士举人等原本享受免税待遇的群体额外征收特别军费，以充实军饷，确保此次作战能够顺利开展并取得胜利。
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【瞿式耜等人联名上奏，请朱由榔监国。他们希望通过这种方式，正式确立朱由榔的领导地位，团结各方势力，共同抗击清军。
朱由榔听了众人的话，心中有些犹豫，他觉得自己能力有限，无法承担如此重任。于是他立即将此事禀报给嫡母桂王太妃，并向她请教该如何处理。
王太妃态度非常坚决地表示反对，她告诫朱由榔道：“儿子啊，你并不是治理国家的人才，何必为了一个虚名而让百姓遭受苦难呢？弘光和隆武的情况就是很好的例子啊！”
之后，王太妃又对诸位大臣们表示：“你们为何担心没有合适的君主呢？我的儿子性格仁慈柔弱，并非能够平定乱世的人，希望大家再选择其他有才能的人来担任此职。”然而，诸位大臣们仍然坚持请求朱由榔监国。他们认为朱由榔是最合适的人选，并且愿意全力支持他。面对众臣的强烈要求，王太妃最终只好勉强同意让朱由榔监国。
隆武二年（公元 1646年）十月十四日，朱由榔于广东肇庆府即位监国，并颁布诏书至楚地、云南、贵州、四川等地。他任命总督两广兵部尚书丁魁楚兼任东阁大学士，担任首辅；督军兵部尚书吕大器、兵部左侍郎瞿式耜分别兼任东阁大学士，一同进入内阁值班。
然而，监国一开始的人事安排就出现了争端。其中，丁魁楚被任命为首辅以及授予太监王坤为司礼监秉笔太监，这两个人在崇祯朝时声名狼藉。因此，兵部尚书李永茂拒绝加入内阁。尽管吕大器已经接受了任命，但当看到丁魁楚成为首辅后，他感到极度不满并不辞而别。
此刻，清军已经成功地攻占了福建南部的漳州和江西南部的赣州，其军事实力正逐渐向广东逼近。司礼监王坤认为形势危急，建议立即迁移至梧州以躲避战乱。而朱由榔无视瞿式耜等大臣的反对意见，在监国仅仅六天之后，于十月二十日带领群臣出逃梧州。
这是朱由榔的第三次逃亡行动，这次逃跑跟前两次完全不一样，它引发了一系列连锁反应。
由于朱由榔的离开，隆武帝的弟弟朱聿鐭得到了苏观生等人的支持，正式宣布称帝，建立绍武政权，并派遣陈邦彦告知朱由榔这一情况。
面对如此尴尬的局面，丁魁楚等人建议朱由榔尽快正式称帝，以对抗朱聿鐭的势力。于是，朱由榔在十一月十二日回到肇庆，并在十一月十八日正式登基称帝，改年号为永历，追封其父桂王朱常瀛为兴宗端皇帝，尊称嫡母王氏为慈宁皇太后，生母马氏为皇太妃，王妃王氏为皇后。与此同时，朱由榔还遥尊隆武帝的谥号为思文皇帝。】
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“老四夺了我的兴宗庙号，孤也就忍了，这个小辈居然给自己生父上这个年号，真是朝中无人了，连基本的礼仪都忘记了，这跟那个大明永历年号有啥区别。”好久没有发表意见的朱标终于忍不住了，发出了他人生以来第一顿大火。
朱标的声音在大殿内回荡，带着愤怒和失望。他一直对朝廷中的事情保持着沉默，但这次却无法再忍受下去。
而就在这时，朱棣走了进来，准备向朱标请罪。然而，当他听到朱标的话时，脸色瞬间变得苍白，一时间陷入了进退两难的境地。
朱棣站在那里，心中充满了矛盾和困惑。他知道自己后代的行为引起了朱标的不满，但他也有自己的苦衷。此刻，他不知道该如何面对这位太子大哥，也不知道如何解释自己二百多年后代的所作所为。
整个大殿陷入了一片尴尬的沉默之中，气氛紧张到了极点。朱棣低着头，不敢直视朱标的目光，心中暗自后悔自己从北平跑到南京来的冲动。
朱标看着朱棣，眼中闪过一丝无奈和失望。他知道现在的朱棣也是很无辜的，毕竟他管不了二百多年后的子孙后代。他叹了口气，挥挥手让朱棣先退下，等日后再说。
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【隆武二年（公元 1646 年）十二月二十六日，距离登基称帝不过寥寥数日的永历帝眼见刚刚消灭绍武帝的清军转头向自己打了过来，形势危急，不得不匆忙逃离肇庆，再次遁入广西梧州以求自保。
没过多久，肇庆便不幸失守，梧州也随之陷入重重危机之中。无奈之下，朱由榔只得再次踏上逃亡之路，一路仓惶奔至桂林。
这是永历帝的第四次逃亡，也是他当上皇帝之后的第一次逃亡，而且一逃亡就停不下来，整整两年多不是在逃亡准备之中，就是在逃亡路上。
永历的逃亡连续经过了好几个城市，一直到桂林暂时算是停了下来。
在桂林的安稳日也并未持续多久，令他心惊肉跳的事情又接连发生。
在桂林朱由榔得到了刘承胤给予的庇护。起初，朱由榔对刘承胤感恩戴德，认为自己遇到了一位忠义之士。岂知这不过是一场精心编织的骗局罢了。
刘承胤此人看似忠厚老实，对待朱由榔更是关怀备至、殷勤有加。但实际上，他却是个包藏祸心、阴险狡诈之徒。其心中早已盘算着如何利用朱由榔来谋取个人的荣华富贵。原来，刘承胤暗中与清军勾结，妄图将朱由榔作为一份厚重的献礼献给敌人，以换取高官厚禄和无尽财富。
幸好，朱由榔手下并非愚钝之人。随着时间的推移，他渐渐察觉到了刘承胤种种不寻常的举动以及那隐藏极深的恶意。于是乎，在某个月黑风高的夜晚，当整个城市都沉浸在梦乡之中时，朱由榔匆忙地收拾好简单的行囊，召集起为数不多的心腹随从们。一行人不敢有丝毫耽搁，趁着夜色掩护，马不停蹄地向着城外奔去。一路上，他们小心翼翼地避开可能出现的追兵，专挑那些荒僻小道前行。
历经千辛万苦，一路艰难跋涉之后，朱由榔等人总算是成功逃脱了刘承胤的魔掌。原本以为能够稍微松一口气，稍作休整。可谁知命运弄人，正所谓“福无双至，祸不单行”，刚刚才从虎口脱险的朱由榔还未来得及喘匀气息，便又遭受了土司的抢劫，被抢劫一空，匆匆忙忙地奔向南宁。一路上，他心中充满了恐惧和不安，生怕清军追上来将他们一网打尽。
时间来到了永历二年四月，局势却发生了惊人的变化。清两广提督李成栋突然高举反清大旗，毅然决然地与清朝决裂。与此同时，清广西巡抚耿献忠也紧随其后，加入了反清的行列。这一系列事件让原本岌岌可危的南明政权看到了一丝希望。
八月份，经过一番辗转流离之后，朱由榔终于得以还都肇庆。这次回归，对于朱由榔来说，可谓是历经磨难。他在不到半年的时间里已经经历了第四、五、六、七、八、九......次逃亡，每一次都是那么的狼狈不堪，仿佛风中残烛，随时都可能熄灭。
然而，令人意想不到的是，兜兜转转一大圈后，朱由榔竟然又回到了肇庆这个熟悉的地方。更让人惊喜的是，此时南明的形势突然间变得一片大好起来。各地的义军纷纷响应，民众们对明朝的复兴充满了期待。这一切似乎都在暗示着，朱由榔或许真的就是那个被上天选中的天命之主。
但正如古人常说：“福兮祸所伏”。就在人们沉浸在喜悦之中时，厄运悄然降临。从永历三年（1649 年）正月开始，坏消息一个接着一个传来。先是何腾蛟在湘潭不幸被俘，并惨遭杀害。紧接着，金声桓和王得仁在南昌遭遇惨败，全军覆没。三月份，李成栋在战场上也兵败身亡。这些接二连三的噩耗如同晴天霹雳一般，炸响在南明朝廷的上空。一时间，整个朝廷陷入了极度的恐慌和混乱之中，人人自危。
永历五年（公元 1651 年），势力强大的大西军余部首领孙可望凭借着自己手中掌握的强大武力，强行逼迫朱由榔前往安龙府居住。
在孙可望的严密监控和软禁之下，永历帝不得不暂时停下了那漫长而又充满艰辛的逃亡旅程。虽然看似过上了相对稳定的日子，但这种所谓的“安稳”却是建立在失去自由的代价之上。他被困于这小小的安龙府内，犹如笼中之鸟，虽能衣食无忧，却无法随心所欲地行动。
然而，这三年多看似平静的时光绝不是永历逃亡之路的终点。事实上，对于这位命运多舛的皇帝来说，前方等待他的依旧是漫漫征途和无数未知的艰险与挑战，未来还有更多的追兵、更险恶的局势以及更加艰难的抉择在等着他。】