1798年，拿破仑·波拿巴（Napoleon bonaparte）入侵埃及，并与奥斯曼帝国作战，以建立法国在中东的存在，最终梦想与印度的提普·萨希卜（tippoo Sahib）联手。
虽然长达数年的法奥友谊已经结束，拿破仑一世仍然声称对伊斯兰教抱有极大的尊重，并呼应奥斯曼帝国与法国之间悠久的友好关系：
“埃及人民，你们会被告知我来是为了摧毁你们的宗教：
不要相信这一点！
要回答我来是为了恢复你们的权利和惩罚侵占者，而且，比马穆鲁克人（mamluks）更重要的是，我尊重上帝、他的先知和《古兰经》……
难道我们不是几个世纪以来，苏丹（Sultan）的朋友吗？”
—— 拿破仑对埃及人的讲话。
拿破仑推翻了马穆鲁克贝伊（mamluk beys），这些人是名义上受到奥斯曼帝国宗主权支配的埃及实际统治者，但他在整个埃及领土上仍然高举法国国旗与奥斯曼旗帜并列，声称自己对伊斯兰教的热爱，并表示他们是在拯救奥斯曼人免受马穆鲁克人的压迫。
然而，塞利姆三世（Selim III）立即宣告圣战（Jihad），并寻求英国和俄罗斯的帮助，这两个国家都对拿破仑的征服感到威胁。
1799年1月3日，奥斯曼帝国与俄罗斯结盟，随后两天与大不列颠（Great britain）结盟。
英国借此机会与奥斯曼帝国结盟，以抵御拿破仑的入侵，在1799年围攻亚喀尔（Acre）时由威廉·西德尼·史密斯（william Sidney Smith）海军上将指挥，并在1801年阿布基尔战役（battle of Abukir）中由拉尔夫·阿伯克龙比（Ralph Abercromby）指挥。
到1802年，法国在中东的力量彻底被击败。
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然而，到了1803年，法国和大不列颠再次开战，拿破仑竭尽全力试图说服奥斯曼帝国在巴尔干半岛对抗俄罗斯并加入他的反俄联盟。
另一方面，俄罗斯也在争取奥斯曼的青睐，并成功于1805年签署了防御性联盟条约（treaty of defensive Alliance）。
拿破仑继续努力争取奥斯曼帝国的支持。他派遣霍拉斯·塞巴斯蒂亚尼（horace Sebastiani）将军作为特使。
拿破仑承诺帮助奥斯曼帝国收复失去的领土。他给苏丹写信：
“你难道对自己的利益视而不见——难道你已经停止统治了吗？
如果俄罗斯在科尔夫（corfu）有一支人的军队，你认为那是针对我的吗？
武装舰艇总是习惯性地驶向君士坦丁堡（constantinople）。
你的王朝即将走向毁灭……
只信任你真正的朋友，法国。”
—— 拿破仑致塞利姆三世（Selim III）的信。
1806年2月，在拿破仑于1805年12月的奥斯特利茨战役（battle of Austerlitz）中取得辉煌胜利以及随之而来的神圣罗马帝国的分裂之后，塞利姆三世最终拒绝批准与俄罗斯和英国的联盟，并承认拿破仑为皇帝。
正式选择与“我们真诚和自然的盟友”法国结盟，同时与俄罗斯和英国开战。
他还派穆希布·埃芬迪（muhib Efendi）前往巴黎担任大使（1806-1811年）。
塞利姆三世支持法国的决定引发了1806年俄土战争（Russo-turkish war）和1807年英土战争（Anglo-turkish war）。
塞利姆三世在塞巴斯蒂亚尼的帮助下击退了约翰·托马斯·达克沃斯（John thomas duckworth）指挥的英国舰队，但在与俄罗斯的多场重大交锋中失利，最终在他试图改革军队时被其杰尼萨里（Janissaries）推翻，由穆斯塔法四世（mustafa IV）取而代之。
然而，穆斯塔法四世仍然坚持与法国的联盟，并派哈列特·埃芬迪（halet Efendi）大使前往巴黎商讨细节。
同时，拿破仑于1807年通过签署芬肯斯坦条约（treaty of Finkenstein）建立了法波斯联盟（Franco-persian alliance）。
然而，在最终的逆转中，拿破仑一世于1807年7月在弗里德兰战役（battle of Friedland）中击败了俄罗斯。
法奥联盟得以维持，并在俄罗斯与奥斯曼帝国之间促成了一项和平协议，但奥斯曼帝国通过蒂尔西特条约（treaty of tilsit）所承诺的领土（摩尔达维亚 [moldavia] 和瓦拉几亚 [wallachia]）并未归还，尽管奥斯曼帝国已经遵守了将军队移至多瑙河以南的协议。
在面对俄罗斯的背叛和法国未能执行协议的情况下，现由马哈茂德二世（mahmud II）统治的奥斯曼帝国于1809年1月5日签署了与大不列颠的和平、商业和秘密联盟条约，彼时大不列颠已与法国和俄罗斯交战。
1812年，奥斯曼帝国与俄罗斯通过布加勒斯特条约（treaty of bucharest）达成和平，正当俄罗斯希望解放南方战线以应对拿破仑入侵俄罗斯的预期，俄罗斯保留了贝萨拉比亚（bessarabia），而奥斯曼帝国则恢复了瓦拉几亚和摩尔达维亚。
在后拿破仑时代，1815年维也纳会议（congress of Vienna）上，奥斯曼帝国仍被视为欧洲现状的重要组成部分。
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在克里米亚战争（crimean war）中，法国-英国-奥斯曼帝国（ottoman Empire）于1854年3月12日签署了针对俄罗斯的联盟条约。
在另一个合作的例子中，1860年，法国在奥斯曼帝国的叙利亚（Syria）进行干预，并获得奥斯曼帝国的同意，目的是保护中东地区的基督徒，此前该地区发生了对马龙派基督徒（maronite christians）的大屠杀。
当时，法国在拿破仑三世（Napoleon III）统治下声称继续扮演其在奥斯曼帝国中保护基督徒的古老角色。
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关于法奥联盟的历史，就说到这。