尽管穆斯林迅速控制了大部分肥沃的土地，但他们仍然是一个明显的少数群体。
基督教社区保持了较大程度的自治，但整个奥斯曼时期都标志着基督教人口从平原迁往山区的现象。
这导致了山中强盗和叛乱者的兴起，同时相应地设立了由政府资助的阿马托洛伊（armatoloi，武装部队）以制止强盗的活动。
随着1683年“伟大的土耳其战争”的爆发，威尼斯在弗朗西斯科·莫罗西尼（Francesco morosini）指挥下于1687年占领了整个半岛，并在1699年的卡尔洛维茨条约（treaty of Karlowitz）中得到了奥斯曼帝国的承认。
威尼斯将其省份建立为“伯罗奔尼撒王国”（意大利语：Regno di morea），但他们的统治并不受欢迎。
当奥斯曼帝国在1715年再次入侵半岛时，大多数当地希腊人对他们表示欢迎。
奥斯曼的再征服过程迅速而容易，威尼斯在1718年的帕萨罗维茨条约（treaty of passarowitz）中承认了这一点。
伯罗奔尼撒半岛现在成为了摩里亚艾亚列（morea Eyalet）的核心，由摩拉维阿利（mora valesi）领导，直到1780年他是一级帕夏（pasha，拥有三条马尾）并担任维齐尔（vizier）职务。
1780年后直到希腊独立战争，省长由一位穆哈西尔（muhassil）担任。
摩里亚的帕夏由几位下属官员协助，包括一名基督教翻译（dragoman），他是该省的高级基督教官员。
与第一次奥斯曼统治时期一样，摩里亚被划分为22个区或贝伊利克（beyliks）。
首府最初设在纳夫普利翁（Nauplion），但在1786年后迁至特里波利察（tripolitza）。
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伯罗奔尼撒半岛的希腊人在俄罗斯的支持下于1770年发起了所谓的“奥尔洛夫起义”，但这一行动很快被奥斯曼雇佣的穆斯林阿尔巴尼亚雇佣军迅速而残酷地镇压。
当地希腊人称这些部队为“土耳其-阿尔巴尼亚人”，他们在1769年至1770年期间的起义中也摧毁了埃皮鲁斯（Epirus）许多城市和城镇。
伯罗奔尼撒半岛在随后的几十年里，遭受了来自不规则阿尔巴尼亚帮派的严重侵害，损失远超过其他希腊居住地区。
在帕特雷（patras），几乎没有人幸存于土耳其-阿尔巴尼亚人的侵略之后。
米斯特拉斯（mystras）被夷为平地，大主教阿纳尼亚斯（Ananias）尽管在起义中救了几名土耳其人的性命，但仍被处决。
大量当地希腊人被阿尔巴尼亚部队杀害，儿童则被贩卖为奴隶。
据信，在这九年的毁灭中，大约有20,000名当地希腊人被这些阿尔巴尼亚雇佣军俘获并贩卖到奴隶市场。
此外，还有50,000名希腊人离开了伯罗奔尼撒，约占1770年前人口的六分之一。
奥斯曼政府无法支付阿尔巴尼亚雇佣军要求的工资，导致他们在镇压起义后继续肆虐该地区。
1770年至1779年是阿尔巴尼亚不规则部队在伯罗奔尼撒犯下破坏和暴行的漫长时期。
1774年，俄土战争以库楚克·凯纳尔贾条约（treaty of Ku?uk Kaynarca）结束，给予当地居民普遍的赦免。
然而，穆斯林阿尔巴尼亚雇佣军在该地区的攻击仍然持续，不仅针对希腊人，也针对土耳其人。
伯罗奔尼撒的大规模破坏和失控迫使中央奥斯曼政府在1779年派遣常规土耳其军队镇压这些阿尔巴尼亚部队，并最终将他们驱逐出伯罗奔尼撒。
由于这些雇佣军的入侵，当地人口不得不躲避迫害，藏身于伯罗奔尼撒的山区。
在此期间，总人口减少，而其中的穆斯林成分增加。
因此，半岛上的希腊抵抗力量得到了增强，扎卡里亚斯（Zacharias）、梅里奥斯（melios）、佩特梅扎斯（petmezas）和科洛科特罗尼斯（Kolokotronis）等家族形成了强大的克雷夫特（klephts）团体。
那个时代的克雷夫特歌曲描述了抵抗活动。
然而，随着库楚克-凯纳尔贾条约所赋予的特权，特别是基督教徒在俄罗斯旗帜下贸易的权利，促进了当地希腊人的经济繁荣，加上与西欧（现代希腊启蒙运动）的文化接触的增加以及法国大革命的鼓舞理想，为希腊独立战争奠定了基础。
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伯罗奔尼撒半岛的居民在希腊独立战争中发挥了重要作用——这场战争始于伯罗奔尼撒半岛，当叛乱者在1821年3月23日占领卡拉马塔（Kalamata）时。
随着伊普西兰蒂斯（Ypsilantis）的使者到达，当地人民在马夫罗米哈利斯（mavromichalis）的领导下起义。
希腊和阿尔巴尼亚的叛乱者组织成武装平民单位，控制了大部分的堡垒。
希腊叛乱者迅速取得进展，整个半岛在几个月内全部处于希腊控制之下，仅剩少数沿海要塞和的黎波里（tripolitsa）的主要土耳其驻军。
战斗十分激烈，双方都发生了暴行。
最终，整个穆斯林人口要么被屠杀，要么逃入堡垒。
1821年9月的的黎波里陷落标志着一个转折点。
叛乱者之间的竞争最终在1824年爆发成内战，这使得奥斯曼埃及附庸易卜拉欣·帕夏（Ibrahim pasha）在1825年登陆半岛。
随着易卜拉欣的埃及军队的到来，伯罗奔尼撒半岛成为激烈战斗和严重破坏的场所。
部分由于易卜拉欣所犯下的暴行，英国、法国和俄罗斯帝国决定干预，支持希腊人。
1827年，决定性的纳瓦里诺海战（battle of Navarino）在伯罗奔尼撒半岛西海岸的皮洛斯（pylos）附近展开，由联合的英国、法国和俄罗斯舰队击败了土耳其-埃及舰队。
随后，法国远征军在1828年将最后一支土耳其-埃及军队驱逐出半岛。
位于半岛东海岸的纳夫普利翁（Nafplion）成为独立希腊国家的第一座首都。
战争结束时，新独立的希腊国家，包括伯罗奔尼撒半岛的全部穆斯林人口，要么被灭绝，要么逃离。
在19世纪和20世纪初，该地区变得相对贫困且经济孤立。
相当大一部分人口移民至希腊的大城市，尤其是雅典，以及美国和澳大利亚等其他国家。
该地区在第二次世界大战和希腊内战中受到严重影响，经历了那些冲突中希腊最严重的暴行之一。
1981年希腊加入欧盟后，生活水平在整个希腊显着改善。
科林斯运河（corinth canal）在19世纪末完成，连接了爱琴海和科林斯湾及亚该亚海。
2001年，里奥-安季里奥桥（Rio-Antirio bridge）建成，连接了伯罗奔尼撒半岛西部和希腊西部。
在2007年8月底，伯罗奔尼撒半岛的大部分地区遭遇大规模野火，造成村庄和森林严重损毁，77人遇难。
火灾对该地区环境和经济的影响至今仍不清楚，被认为是现代希腊历史上最大的环境灾难之一。