布伦丹·西姆斯（brendan Simms）指出，费迪南德能够获得这片权力领域的原因是查理五世在面对奥斯曼帝国威胁时，难以协调奥地利、匈牙利战线与地中海战线之间的防御，同时还要应对德国、新教诸侯和法国在德国、勃艮第和意大利战场的战争。
因此，中欧的防御工作被委托给费迪南德，同时他还承担了许多帝国管理的责任。
查理五世于1522年放弃了奥地利大公（Archduke of Austria）的身份，九年后，他让德国诸侯选举费迪南德为罗马人的国王（King of the Romans），从而成为他的指定继承人。
“这对东南欧的国家形成产生了深远的影响。
费迪南德从匈牙利的废墟中拯救了波希米亚（bohemia）和西里西亚（Silesia），使他的东北侧翼更加安全。
他在1530年于林茨（Linz）向奥地利议会（Landtag）——即集结的贵族代表们——表示：‘除非匈牙利王国掌握在奥地利大公或其他德国王子手中，否则无法抵御土耳其人。’
经过一番犹豫，克罗地亚（croatia）和匈牙利残部加入了哈布斯堡家族的阵营。
在这两种情况下，这种联系本质上都是契约性的，直接与费迪南德提供对土耳其人保护的能力相关。”
奥地利领土当时处于极度困顿的经济和财政状况，费迪南德被迫引入所谓的“土耳其税”（turkensteuer）来为他对抗奥斯曼帝国的战役提供资金。
尽管奥地利做出了巨大牺牲，但他仍无法筹集足够的资金来支付奥地利防御成本的开支。
他的年收入仅足以雇佣5000名雇佣兵两个月，因此费迪南德向他的兄弟皇帝查理五世请求援助，并开始向富有的银行家如富格尔家族（Fugger family）借款。
费迪南德于1527年9月在塔尔察尔战役（battle of tarcal）中击败了约翰·扎波里亚（John Zápolya），并于1528年3月在斯奇纳战役（battle of Szina）中再次获胜。
扎波里亚逃离了国家，向苏莱曼大帝（Suleiman the magnificent）寻求支持，使匈牙利成为奥斯曼帝国的附庸国。
这导致了费迪南德生涯中最危险的时刻，发生在1529年。
当时苏莱曼借助匈牙利的支持，发起了一场规模庞大但最终失败的攻势，即对费迪南德首都的维也纳围攻战（Siege of Vienna），迫使费迪南德避难到波希米亚。
1532年，另一次奥斯曼帝国的入侵被击退（见贡斯围城战，Siege of Guns）。
同年，费迪南德与奥斯曼帝国达成和平协议，将匈牙利分割为西部的哈布斯堡领土（皇家匈牙利，Royal hungary）和约翰·扎波里亚的东部领地（东匈牙利王国，Eastern hungarian Kingdom），后者实际上是奥斯曼帝国的附庸国。
随着1531年施马尔卡尔登联盟（Schmalkaldic League）的成立，费迪南德在与奥斯曼帝国的斗争中被迫在1532年4月召开的雷根斯堡议会（diet of Regensburg）上授予新教徒们所要求的纽伦堡宗教和平（Nuremberg Religious peace）。
在他期望得到苏莱曼大帝对他屈辱请求的积极回应时，他并不愿意给予这些和平。
然而，当苏莱曼的军队逼近时，费迪南德妥协了，并于1532年7月23日，双方在纽伦堡达成了和平协议，最后的商议也在此进行。
那些迄今为止加入宗教改革的人获得了在宗教自由上的保障，直至召开宗教会议，并且在单独的协议中，暂停了所有涉及宗教问题的帝国法庭审理案件。
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1538年，在《纳吉瓦拉德条约》（treaty of Nagyvárad）中，费迪南德（Ferdinand）劝诱无子的扎波里亚（Zápolya）任命他为继承人。
然而，1540年，就在扎波里亚去世前，他生下了一个儿子，约翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund），并迅速被议会选为国王。
费迪南德入侵匈牙利，但摄政主教弗拉特·乔治·马尔蒂努齐（Frater George martinuzzi），即瓦拉德主教（bishop of Várad），请求奥斯曼帝国的保护。
苏莱曼大帝进军匈牙利（Siege of buda），不仅将费迪南德赶出了中部匈牙利，还迫使费迪南德同意为他在西匈牙利的领土缴纳贡品。
约翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund）也得到了波兰国王西吉斯蒙德一世（Sigismund I）的支持，后者是他母亲的父亲。
然而，1543年，西吉斯蒙德与哈布斯堡家族签署了一项条约，波兰变得中立。
波兰王子西吉斯蒙德·奥古斯特（Sigismund Augustus）与费迪南德的女儿奥地利的伊丽莎白大公（Archduchess Elisabeth of Austria）成婚。
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苏莱曼大帝将特兰西瓦尼亚（transylvania）和东部皇家匈牙利（Eastern Royal hungary）分配给约翰二世·西吉斯蒙德（John II Sigismund），其母亲伊莎贝拉·雅盖隆（Isabella Jagiellon）统治东匈牙利王国（Eastern hungarian Kingdom），而马尔蒂努齐（martinuzzi）是实际的掌权者。
然而，由于伊莎贝拉的敌对阴谋和奥斯曼帝国的威胁，马尔蒂努齐最终倒戈。
1549年，他同意支持费迪南德的主张，帝国军队进军特兰西瓦尼亚。
在1551年《魏森堡条约》（treaty of weissenburg）中，伊莎贝拉代表约翰二世·西吉斯蒙德同意放弃匈牙利国王的头衔，并交出匈牙利的圣冠和王室徽章。
于是皇家匈牙利和特兰西瓦尼亚归于费迪南德，后者同意承认约翰二世·西吉斯蒙德为特兰西瓦尼亚的附庸亲王，并将自己的一个女儿许配给他。
与此同时，马尔蒂努齐试图在奥斯曼帝国派兵干预后仍保持与其友好的关系。
费迪南德的将军卡斯塔尔多（castaldo）怀疑马尔蒂努齐叛国，并在费迪南德的批准下将他杀害。
由于此时的马尔蒂努齐已成为大主教和红衣主教，这一事件引发了震惊。
教皇尤利乌斯三世（pope Julius III）对卡斯塔尔多和费迪南德宣布了绝罚。
费迪南德向教皇提交了一份包含87条罪状的长篇控诉，并得到了116名证人的支持。
教皇最终为费迪南德开脱，并于1555年解除绝罚。
匈牙利的战争仍在继续。
费迪南德未能将奥斯曼帝国赶出匈牙利。
1554年，费迪南德派遣奥吉尔·吉塞林·德·布斯贝克（ogier Ghiselin de busbecq）前往君士坦丁堡，与苏莱曼讨论边界条约，但未取得任何成果。
1556年，议会恢复约翰二世·西吉斯蒙德为东匈牙利的国王，他一直执政到1570年。
布斯贝克于1556年再次前往君士坦丁堡，并在第二次尝试中取得成功。
哈布斯堡君主的奥地利分支需要匈牙利的经济力量来应对奥斯曼战争。
在奥斯曼战争期间，原匈牙利王国的领土缩小了约70%。
尽管经历了巨大的领土和人口损失，饱受战争蹂躏的小型皇家匈牙利在16世纪末仍比奥地利或波希米亚王国对哈布斯堡统治者更具经济重要性。
在费迪南德统治时期，匈牙利残余的领土仍然是他最大的收入来源。