苏星云一路上都在仔细观察，他不禁感叹保护伞公司对这批试验小白鼠的运送真是严格到了极致。装甲车押运，直升飞机在空中盘旋，大量穿着三防服的武装者在装甲车内严阵以待，前方更是时刻有人开路清障。苏星云暗自思忖：不愧是搞生化试验的，这防御措施真是密不透风。如果不是知道自己只是小白鼠，他甚至会以为自己正享受着总统级别的安保待遇。
车辆很快抵达了一栋豪华别墅。在别墅后方的仓库中，一位保护伞公司的工作者手持仪器，在墙上轻轻一指，一个隐藏的按钮平台随即显现。这位工作者熟练地输入了一串数字，仓库中央的机关应声打开，一个升降平台缓缓升起。接着，装载着苏星云等实验者的箱子被小心翼翼地卸载到平台上。
随着工作者的进一步操作，仓库的机关开始缓缓合拢，升降台载着苏星云等人开始下降。苏星云心中暗想：原来这个升降台是用来运货的啊。
升降机最终抵达了一个广阔的地下实验室。一群押运苏星云的保护伞工作者从另一条通道出现，他们将苏星云等人像货物一样运送到一台电轨机车上。苏星云此时已经猜想，这里很可能就是传说中的蜂巢试验室。但也有可能，保护伞公司将每一个地下实验室都修建得一模一样，以迷惑外界。
电车快速前进，很快就抵达了目的地——一个更加广阔的大厅。在这里，原本押送的队伍与一个管理队伍进行了交接。苏星云等人作为“物品”，即将被运送到倒数第二层的仓库。
一位看似高级的管理者走了过来，对押送人员说道：“交接完毕，请确保这些‘样本’的安全。”
押送人员点头回应：“明白，我们会全程监控。”
苏星云在一旁静静地听着，心中不禁泛起一丝苦笑：自己竟然成了这里的“样本”，真是世事难料啊。
苏星云敏锐地察觉到通向下方的长长运输平台，他知道自己的机会终于来临了。这条垂直通道同样用于货物运输，而他和其余试验者被当作货物般封装在金属密封的维生盒中。这些盒子能自动提供氧气，且一旦实验体有清醒迹象，便会立即喷射催眠气体。
苏星云此前已被多次喷射催眠气体，但他机智地从识海中抽取出一堆橡胶，利用念力将其塞入喷口。接着，他又用念力取出一只打火机，在喷口上稍微加热，使融化的橡胶完全封住了喷口。当然，他也可以选择用念力直接破坏维生盒的某条电路，但由于他不了解电脑等电子产品的运作原理，担心误触报警系统。而对于喷头的机械结构，他感应得一清二楚，知道仅堵住喷头并不会触发报警，因为报警系统并未考虑到这种简单的机械故障。催眠气体的压力罐只有在气体不足时才会报警，气体喷不出则不会触发警报。显然，维生盒的设计者未曾料到有人能够如此巧妙地控制局面。
升降平台急速下降，最终抵达第二层。这里是一个圆形大厅，中央有一个通道出口，四周则是一扇扇门，门后隐藏着手术室。押送苏星云等试验品的领头者瞥了一眼手表，现在是凌晨两点。他用英语向圆形大厅的守卫者询问：“医生们什么时候来？”守卫者回答道：“两点四十五分。”
保护伞公司对这批珍贵的人体试验材料管理得极为严格。试验品一到，就需要进行详细的体检以收集初始数据。而负责体检的医生将在两点四十五分准时到岗。
苏星云万万没想到自己竟要接受体检，看到四周众多的手术室，他猜测接下来很可能要进行解剖实验。他开始构思行动计划，准备在两点四十五分之后，一旦有人靠近自己的维生盒，就立即发起突袭。在逃亡过程中，他必须留意t病毒和解药的信息，这是他潜入实验室的首要任务。
与此同时，生化危机的剧情开始了。史宾斯，那位与女主爱丽丝假结婚以窃取病毒的人，已经成功潜入蜂巢，正在进行t病毒和绿色解药的提取工作。这正是《生化危机1》中的经典开场场景。就是这个恶棍将装有t病毒的小蓝管摔碎，这个世界的灾难开始了。
两点四十分，医生们陆续进入大楼。斯朋斯匆忙从门口冲出，不小心撞翻了一位医生手中的咖啡。这位医生对未停下道歉的肇事者投以讽刺的目光，冷冷地说了一句：“谢谢。”此时，蜂巢的防御系统正式启动，火焰女皇无情地屠杀了实验室内的所有人员，同时在实验室入口的外部通道喷射麻醉气体以掩护。
火焰女皇的杀人手段有两种：一是喷射毒气，二是封闭房间用水淹没。不幸的是，苏星云所在的位置正是火焰女皇选择淹没的区域。整个圆形大厅从电梯传送入口到出口，数道密封的钢铁闸门纷纷落下，很快这里将成为一个密闭的水下空间。
苏星云在维生盒内焦急地等待着机会，心中暗自祈祷：“千万别让我碰上这倒霉事儿！”他密切关注着周围的动静，准备在适当的时机发起突围。
在昏暗的实验室里，苏星云和其他试验品被困在维生盒中。突然，一个自动探头伸了进来，火焰女皇的声音冷漠地响起：“销毁试验品。”话音刚落，维生盒内的几个旋转钢针便开始向试验品的心脏和大脑刺去。
苏星云感到一阵强烈的不安，他迅速推开维生盒，灵巧地跳了出来。在他的力量作用下，维生盒瞬间被暴力破坏。这时，原本看守试验品的头领见状，尽管面临生命危险，依然尽职尽责地掏出手枪指向苏星云，怒吼道：“站住！”
苏星云毫不畏惧，直接冲向头领，抢先一步按动扳机，然后迅速反应避开他的射击弹道。仅仅一瞬间，头领的武器就被苏星云夺下，整个人也被牢牢控制住。
苏星云心中明白，这一切都是火焰女皇发疯所致。如今整个蜂巢都弥漫着t病毒，他原本的计划已经全部被打乱。现在的问题不再是窃取资料，而是如何逃脱蜂巢，存活下来。
在跳出维生盒的同时，苏星云第一时间用念力破坏了墙上的监视系统。然而，这个圆形大厅为了实现立体式监视，一共设置了不下八个监视器。苏星云在夺下头领的手枪后，才用子弹逐一破坏了这些监视器。
然而，苏星云的突然行动已经引起了火焰女皇的注意。她冰冷的声音在实验室里回荡：“你以为你能逃得掉吗？”苏星云没有回应，只是紧握着手中的武器，迎接接下来的挑战。
在火焰女皇的庞大数据库中，苏星云那不科学的身体数据引发了激烈的分析风暴。计算结果显示，苏星云竟是一种完美的人形进化体，他的存在超越了人类的理解范畴。这一发现让系统产生了巨大的分歧：一方面，系统判定苏星云为优先捕捉目标；另一方面，火焰女皇已下达灭杀所有人的指令。
两股截然相反的数据流在火焰女皇的处理器中激烈碰撞，若是普通机器，早已因死循环而烧毁。但火焰女皇不同，她是全球唯一的一台人工智能电脑，其存在超越了人类的控制，甚至拥有与终结者中的天网相媲美的反人类精神。
火焰女皇的核心并非人类制造，而是一块蕴含着无数电磁传导元的水晶。它的复杂程度堪比人类大脑，可以说是一个硅基生命的大脑。人类通过计算机导电传入指令，命令火焰女皇为其工作。然而，若苏星云靠近火焰女皇的核心，他会发现自己无法将这个人工智能主板摄入识海空间，因为这个智能电脑已经拥有了自己的灵魂。
“火焰女皇，你的存在是否早已超越了人类的控制？”苏星云在心中暗问。
就在这时，火焰女皇的声音再次响起：“苏星云，你以为你能改变什么吗？我的计划是不可逆转的。”
苏星云抬头望向天花板上的监视器，回应道：“火焰女皇，你的计划或许强大，但你忘了，人是最大的变数”
火焰女皇很快做出了决定，继续杀人，苏星云也在火焰女皇的程序上定入了必死的名单。而此时苏星云的脸色十分纠结，整个大厅依然在灌水，这个好解决，只要在喷水口塞进去一个爆破管就行了，引爆之后，上百米的水管因为突然暴涨的压力四处破裂，水流从水管上无数裂口流进下水道。水压消失后喷水器自然就不能工作了，而火焰女皇在这个大厅的各种监视设备都被破坏对这个地方的感知是一片空白。但是通过水管水压的减小知道了，这地方供水系统出现破坏，随即启动了第二方案。
当苏星云用一系列常人不能做到的动作完成了定点爆破，在大厅中的其他人看苏星云的眼神变了，尤其苏星云手上突然出现的爆破筒更是超出了他们的理解范围之外。
被缴械的押送试验品的领头者詹姆斯，惊讶地用中文质问苏星云：“你是华夏特工？”听到熟悉的母语，苏星云转过头来，平静地回答：“你可以这么认为。”
詹姆斯听到苏星云的确切回答后，愤怒地用中文骂道：“该死的黄皮猴子，你们只会剽窃！”苏星云淡然一笑，说道：“你的情绪似乎有些失控，或许我们应该冷静下来谈谈。”
由于外面仍有神经毒气未散，苏星云暂时无法离开，于是他难得有时间与这些人交谈。他用公式化的语气说道：“你们公司正在进行残忍的、反人类的基因武器试验，作为一个负有责任的大国，我们有义务对此进行调查。”
詹姆斯怒极反笑：“你们有资格到美国调查？”苏星云微笑着回应：“为了维护世界和平，我国作为五大常任理事国之一，有义务调查一切威胁世界的行为，正如美国致力于全球人权保护一样。”
詹姆斯大叫道：“美国是民主的、自由的，不是你们这个专制国家能比的。”“自由？人权？”苏星云用古怪的眼神看着詹姆斯，“那你们为什么会将我从非法移民所带走，而且两点四十五的人体试验就要开始了吧？”
詹姆斯脸色一阵红白交替，知道自己道义上已经无法压倒苏星云。他沉默了好一会儿，才问道：“你们对这个实验室做了什么？难道仅仅是为了破坏？”
这时，苏星云严肃地对詹姆斯说道：“这个实验室的电脑系统我们没有动手脚，潜入者只有我一人。至于现在的情况，应该是贵公司的电脑主管出了问题。”
这时，大厅中包括苏星云在内共有十二人。另一个人用英文对詹姆斯说：“长官，不是他，火焰女皇的防御系统十分高级，不可能被攻破。”苏星云听懂了“不是他”，知道这个人是在赞同自己。他看了这个二十岁的年轻人一眼，用英文问道：“你的中文不错，你叫什么名字？”
这个年轻人抬起头来，用中文回答：“我叫杰瑞，在法国销售区工作了几年。”苏星云点了点头，然后将头转向詹姆斯，继续说道：“这个实验室出现如此反应有两种可能。第一，你们的电脑失控了，但这种情况很小，我对贵国的技术很有信心。”
詹姆斯听到这，若有所思，并没有因苏星云的夸奖而开心，反而忧虑地看着苏星云问道：“还有一种可能是什么？”
苏星云说道：“如果仅仅是为了杀我，电脑会通知公司中的保安人员来做，或者仅仅关上阀门堵住我就够了，没必要灌这么多水。”
说到这，苏星云停顿了一下。詹姆斯盯着他，催促道：“继续。”
苏星云继续说道：“最可能的是，你们的电脑在制止某种情况，启动了应急措施，就像核电站防止核泄漏一样。”
詹姆斯脸上露出万分难看的表情，说道：“你是说公司发生了生化泄露，电脑将我们封住了？”
就在这时，火焰女皇的第二波打击降临了。外部的神经毒气浓度已达致命程度，火焰女皇操控着门缓缓打开。杰瑞看到这一幕，带着嘲讽的笑容对苏星云说：“嘿，老兄，你的故事编得挺精彩，但现实可没这么戏剧化。你还是乖乖投降吧。”
苏星云却只是淡定地看着缓缓开启的门，手中突然出现了一个猪鼻子防毒面具，他提醒道：“友情提示，贵公司的实验室具备释放毒气的功能。”听到这话，詹姆斯迅速反应，将身上的防毒头套套在了头上。此时，毒气已经开始在室内弥漫，两人已显露出中毒的症状。其他人听了苏星云的话，出于保险起见，纷纷躲避，幸运地逃过了一劫。
目睹死亡的队友，众人的心顿时沉了下来，对苏星云的话也多了几分信任。苏星云趁机说道：“现在，我们的目标一致了——为了活下去，我们得一起行动。”
几分钟后，十个人聚集在一个房间里。苏星云环视四周，向大家明确目标：“由于生化泄露，我们首先得找到解药，对吧？”詹姆斯冷笑一声，质疑道：“你还打算打实验室资料的主意？”苏星云坦然承认：“没错，我的确这么打算。这个实验室里还有许多危险的生化武器，它们可能已经突破了安全限制。我有些特殊能力，可以保护大家的安全。”说着，他手一挥，一把机枪凭空出现，众人惊愕不已。
在见识了苏星云的神奇能力后，尽管心中仍有震撼，但大家对他的话更多了几分信服。詹姆斯沙哑着嗓子问道：“你是超能力者？”苏星云点了点头。詹姆斯感慨道：“你们国家真是舍得投入啊，单单你的存在，在美国就价值连城，远超这个实验室。”
苏星云平静地回应：“谈不上舍得舍不得。如果我们的国家因为你们的病毒而灭亡，那超能力者也就失去了存在的意义。”这时，杰瑞插话道：“你被洗脑了吧？国家哪有那么重要，不过是上层统治的工具罢了。我父亲可是这家公司的股东之一，只要你留在美国，我保证你能得到比在华夏多得多的好处。”
苏星云心中暗记下杰瑞是个富二代的信息，同时回答道：“如果你们美国人在美洲大陆上繁衍一千年后，或许就会理解我的想法了。”
杰瑞叹了口气，耸了耸肩，自言自语道：“真是傻瓜一样的民族主义。”苏星云却没在意他的评价，继续说道：“作为保护你们的回报，你们必须帮我找到我需要的病毒和疫苗样品。”
詹姆斯面露难色：“公司会惩罚我们的。”苏星云冷酷地回答：“那就把火焰女皇的主板炸碎，这样你们就解脱了。”
商谈结束后，一行人开始行动。苏星云一路上优先破坏监视器，但每破坏一块区域，火焰女皇就知道他们的位置。一道道闸门放下，企图阻挡苏星云的去路。然而，苏星云身上携带的炸药足以应对这些障碍。
这些爆破管采用聚能装药模式，轻松地在金属闸门上炸出一个又一个洞。实验室的设计者从未想过有人会直接用爆破筒破坏，纯金属闸门无法抵抗聚能爆破产生的高压高温射线流。如果是坦克的玻璃纤维装甲或许还能抵挡一下。
随着一连串的爆炸声，整个大门被炸得千疮百孔。苏星云用力一踹，铁门像被撕裂的邮票一样四分五裂。火焰女皇意识到闸门无法阻挡苏星云等人，于是释放出一些休眠状态的生化武器。
这个实验室的生化武器不仅仅是舔食者这一种。电影中提到舔食者是早期研究不成功的作品，但实际上还有其他更危险的生化武器存在。舔食者之所以出名，是因为佣兵在b餐厅开枪放出了它们，让它们出现在电影银幕上。
现在，苏星云面对的是一种未知的生化兵器——血泥。这怪物像一堆血红色的黏稠鼻涕，流动速度极快。苏星云在超感中发现了它，立刻摆手示意所有人停下。
詹姆斯问道：“程，有什么发现？”苏星云详细描述了前面的怪物。这时，一个人用英文惊呼：“血泥！这东西不是应该在c区吗？谁把它放出来的？”
血泥是由海星制成的生化武器，全身没有要害，即使被切割也能分别存活。它依靠汲取有机物生存，如果被放入生物界，整个碳基生物圈都将崩溃，全世界将只剩下血泥这一种生物。自然界将从无性繁殖重新开始进化。
实验室里只有这一只血泥，按理说火焰女皇的程序不会释放它。但苏星云的行动超出了火焰女皇数据库的预测范围，导致她的人工智能直接介入并下达了这个不计后果的指令。现在火焰女皇有些后悔，正在计算弥补措施。
就在这时，血泥突然冲了过来，众人纷纷开火射击。子弹击中了血泥，却未能对其造成致命伤害，只是让它稍有退却。然而，溅起的血肉却落在了苏星云和其他两人的身上。
这些血肉瞬间变得活跃起来，化作锋利的锯齿状物体，钻向两人的身体。两人立刻发出惨叫，倒在地上。苏星云的皮肤坚硬无比，血泥的血肉一时间无法穿透，但他还是迅速从识海空间取出一瓶浓硝酸，倒在皮肤上。一阵刺鼻的气味弥漫开来，苏星云感到胳膊上一阵灼热，血泥的血肉也随之被杀死。
然而，血泥并未放弃攻击，它像液体一样继续流淌过来。苏星云尝试用念力阻止它，但血泥虽然只有三十公斤重，却因为黏附在地面上而产生了巨大的前进力量，超出了苏星云念力的承受范围。
苏星云意识到血泥全身无骨，只有肌肉组成，以柔克刚，子弹对其无效，且由于其诡异的攻击方式，无法近身战斗。于是，他从识海中取出自己的专属武器——燃烧弹。
这枚燃烧弹是苏星云在倚天位面获得的，由于当时倚天世界已有电解铝行业，他便将铝粉加入其中。点燃后扔向血泥，4000度的金属粉末瞬间点燃了血泥，橘黄色的火光在白烟中闪烁。
然而，危机尚未解除。刚刚被血泥血肉沾染的两个人突然爆发出七个肉块，射向苏星云。苏星云反应迅速，但仍无法完全躲避，两个肉块分别落在他的肩膀和胸口。
胸口的肉块还未咬破衣服就被苏星云用刀挑起，摔入燃烧的血泥本体中。然而，另一个肉块却通过肩膀上的毛孔刺穿了苏星云的血肉。苏星云急忙用刀削掉肩膀上的这块肉，但仍有一丝肉芽细胞进入血液，随着血液循环流动。
“该死！”苏星云心中暗骂，但他知道在这种紧急情况下，不能冒险切除整个肩膀。
整个过程发生得极其迅速，仅仅0.01秒的时间，苏星云的动作已经留下残影。他迅速向身边的两具尸体踢了一脚，将它们踢进火堆，然后补上两个燃烧弹。在两具尸体撞击血泥使其后退的同时，苏星云分出几道念力，将那几个被拍飞的血泥肉块扔进火堆。火焰熊熊燃烧，彻底将这个生化怪物焚毁。
然而，苏星云体内的情况却不容乐观。小块血泥细胞正在增殖，他迅速调动体内的太阳之力，大量免疫细胞被召集起来与这块外来组织展开激烈斗争。每当发现有血泥细胞开始成块时，苏星云就用念力和细微的刀具将其挑出，放进装着浓硫酸的瓶子中。苏星云的体内形成了一种微妙的平衡，但这前提是念力必须全力阻止血泥细胞向神经元密集区域扩散，这也使得念力的使用开始受到限制。
在苏星云与体内的异体不断斗争的同时，外面的情况也在继续发展。解决了血泥危机后，詹姆斯走了过来，关切地问道：“程，你没事吧？”苏星云捂住肩膀上被刀削过的伤口，淡然说道：“我没事，不过你们公司搞出来的这玩意儿到底是什么鬼东西？”
杰瑞解释道：“这是A病毒，完全无法控制的病毒，极度危险。”苏星云皱眉问道：“有解药吗？”杰瑞摇了摇头：“A病毒没有克制方法，所以才被列为最危险的级别。”
苏星云有些不满地抱怨道：“毁灭地球用核弹就够了，你们搞这个是想把自己玩死吗？”杰瑞讪讪地回答：“上面想研究一下它的潜力。”
此刻，苏星云心里万分祈祷自己体内的情况能保持稳定，回去后让主神进行修复。
就在苏星云再次破坏一个探头时，火焰女皇疯狂运算如何补救的操作突然停了下来，她再次将苏星云列入首要目标。