随着巡盐御史对都转运盐使权力的不断侵夺，到嘉靖初年，巡盐御史开始成为凌驾于运使之上新的最高盐业管理者。
嘉靖七年，巡盐御史王舜耕以灶丁贫困，令运司将纸米价银并粟谷量行给散，全活甚夥。
从而，运司官员已经沦为巡盐御史的下属，听其指令。
嘉靖年间，史起蛰在其所撰《两淮盐法志》中曾这样概括巡盐御史的职权：
上命监察御史一人，秩正七品。
御史之职掌：察两淮盐策之政令，监临司使，平惠商灶。
凡盗煮私鬻阻坏盐法者，则督令官军捕扑之。
盐粮发运，自兖、济距留都河渠兼理之，无使壅滞。诸司之事有所兴革，咸请于御史审允之而后行，御史乃视其成，校其功状殿最、参其德行、量其材艺而荐纠之，以奉行其制命焉。
《两淮盐法志》概括的职权，大致可以归纳为监察考核运司官员、巡捕私盐、管理河道、完善盐务管理四个方面，几乎涵盖了盐务管理的所有环节，以前巡盐御史亲自负责的稽查私盐工作，已变成督令官军捕扑之，成为巡盐御史职责的次要方面。
此时的运使已完全处于从属地位，只是谨受巡盐御史之政令而申励焉，巡盐御史成为完全意义上的各地最高盐业管理者。
也正因此，作为盐业管理事实上的长官，巡盐御史多被时人称为‘盐官’或‘盐院’。
自嘉靖朝时起，作为凌驾于各地运司之上的盐业管理最高长官，巡盐御史对于统一盐政事权、处理各地盐务问题，特别是保障盐业产销、稳定国家盐利收入有着决定性的影响。
万历年间因各地巡盐御史空缺较多，在缺乏巡盐御史督理之时，各地盐政几乎陷入瘫痪。
两淮盐课因缺乏巡盐御史监管，课额亏减白银七十余万两。
另外，由于缺少巡盐御史督理，自万历三十四年夏至三十五年春，长芦和山东运司亏欠户部盐课银二十五万两，两淮课额欠至一百余万两。
半年多时间，竟亏欠如此之多，实在惊人。
在万历时期，巡盐御史已经成为不可或缺的盐业监管者，而原有的都转运盐使司，在缺乏巡盐御史督理的情况下，已经不能独自完成盐务管理的任务了，巡盐御史一旦缺任，盐业系统将不能正常运行。
总的来说，大明巡盐御史的权力经历了一个发展、扩张、稳定的过程，在嘉靖朝已经成为各地至高、至关紧要的盐政管理者。
巡盐御史的权力之所以能够如此，从本质上来说，是由于明初盐业管理者运司缺乏监管，腐败不堪，影响到了朝廷的盐利收入，朝廷被迫不断赋予巡盐御史更多的权力，推行应变之举的结果。
伴随着巡盐御史权力的扩张，巡盐御史与都转运盐使的地位也悄然地发生了变化，巡盐御史变成了现如今事实上的地方盐政的最高管理者。”
李长庚介绍完大明巡盐御史的发展历史后，便起身朝朱由校躬身行了一礼道：“陛下，以上就是关于大明巡盐御史的发展历程，请陛下示下！”
听完李长庚的介绍，朱由校大概明白了大明的巡盐御史的发展历史，对于李长庚的详实介绍，朱由校自然不会吝惜赞赏之词：“内容很详实，脉络也十分清晰，辛苦李阁老了，快坐下喝两口茶缓缓！”
作为一个拥有现代人思想的朱由校，有时候实在喊不出‘爱卿’俩字，更多时候还是直呼他们的职位或职位昵称为主。
待李长庚坐下后，朱由校说出了自己的见解：“从李阁老的陈述中，朕不仅明白了咱大明巡盐御史发展的大致脉络，也了解了巡盐御史的具体职责与转运司之间的关系。
但朕有点不明白的是，既然之前因转运司缺乏监督出现腐败而设立了巡盐御史，但设立了巡盐御史后，尤其是现如今巡盐御史集监察与管理一身，那巡盐御史又该由谁来监督？
现在出现了两淮巡盐御史徐缙芳向造反的徐鸿儒运送武器，是不是他还有其它严重的渎职与贪墨之事？”
李长庚站起来回道：“回陛下，万历四十年的时候，因两淮盐课出现停压现象，便任命了户部专管盐政的山东清吏司郎中袁世振以按察使的身份，疏理两淮盐政，任盐法道，并推行了‘纲盐法’，疏理积引，使盐法畅通。”
朱由校回道：“袁世振去两淮梳理盐政，虽短期内改善了两淮盐政的停压，但这个跟太祖与太宗派御史巡察整顿盐业在实质上并没有太大的差别！”
李长庚以为皇帝不了解袁世振的‘纲盐法’，便耐着性子解释道：“启奏陛下，袁世振的‘纲盐法’，刊行十字纲册，将经营盐业生意的盐商固定下来，并世代相传，其他商人不得染。
‘纲盐法’施行后，改变了过去由转运司与盐课司在中间代买代卖的职责，转为盐商直接跟灶户交易，从而将以囤户为中心的内商从守支、兑支的困境中解脱了出来，保证了盐课的顺利征收。”
对于这种将盐业生产与销售全权委托给指定商人的做法， 朱由校内心自然不赞成的，不说后世的中国，甚至连很多欧美发达国家，盐业大多是由政府国营，或者政府生产、商人销售，再或者交由商人生产销售，但政府却要全程参与监管。
现在袁世振不仅将销售的权利全部下放给指定的盐商，而且很可能还是以淮扬为首的大盐商，朱由校就更是不能同意了，这些淮扬大盐商靠囤积盐引发家并赚取了盐业的绝大部分利润，一群投机分子什么龌龊的事情干不出来。
再加上官商早就成为一体，这些人联合起来减产、囤积或随意提高盐价，会对大明脆弱的社会安定带来极大的挑战。
此外，传统的灶户作坊式低效生产方式，交给商人运营后，既无法保证食盐的价格，更无法保证食盐的质量。
但是，朱由校对于大明盐政十分的不熟悉，虽然刚听完了李长庚对于巡盐御史的介绍，但也仅限于巡盐御史，对大明盐政的情况仍然是一头雾水。