至于义军俘虏，罪大恶极者直接判处斩首，次之充军辽东沈阳府，再次之被判处辽东修建水泥路与边堡五年。
为了分化兖州地方势力，将原先属于兖州府的阳谷、寿张、东阿、平阴与东平等一州四县划入东昌府，此外，因滋阳损坏严重，府城干脆搬到了运河边的济宁州。
至于原先属于衍圣公府与孟府的庞大土地，因地契被毁，土地直接给了原先的佃农。
而原属于他们两府的庞大财物，拿了一部分出来奖励参与剿灭义军的军队，其它的则被天津府军运回了京城，还是按照原先抄家的分配方法，内廷与户部四六分。
而鲁王府的土地，则因为有地契在手，所以土地再次回到了鲁王府的手上，至于原先鲁王府内的金银财宝与大量家具、字画瓷器等物，虽有不少破坏，但因是徐鸿儒的居所，仍然保留了不少下来。
当在京的孔贞运、孔闻謤与孔闻诗等人，在听说曲阜孔家全部被屠杀殆尽后，一个个吐血三升，醒来后不断上题本请求为孔府之人报仇。
而在刑部大牢好吃好喝伺候着的孔胤植，直到几天后才得知他们曲阜的孔家人遭到了义军的灭门。
得到消息的孔胤植，哪还有原先优哉游哉的样子，彻底变成了一个浑浑噩噩的行尸走肉。
七月二十日，新任兖州知府上题本请求朝廷重修曲阜孔庙与孔林，以及衍圣公府。
当朱由校看到杨嗣昌的这份题本后，冷哼三声后，将其直接留中。
几天后，孔贞运、孔闻謤与孔闻诗等曲阜孔府出身的官员串联朝中科道御史，上题本请求朝廷重修曲阜孔庙、孔林与衍圣公府，并且请求册封新的衍圣公，甚至返还属于孔府的财物与土地。
对于这些人的题本，朱由校依然置之不理！
在看到两轮题本后在，朱由校招来了刚上任不久的新任礼部尚书顾秉谦。
“对于孔贞运与杨嗣昌等人的题本，你如何看待？”朱由校直接开门见山地问道。
“回陛下，臣以为修与不修，当全由陛下圣裁！”顾秉谦选了个十分稳妥的答案，毕竟皇帝的态度还不明朗，他可不敢轻易发表自己的见解。
“朕想听听你的看法！”朱由校皱了下眉头说道。
“回陛下，臣以为孔庙与孔林当修，但衍圣公府可等新的衍圣公出来后再做决定，至于归还财物与土地，这个臣不知该如何说！”顾秉谦依然选了个稳妥的折中答案。
“那就想好了再说，但一个家族的财富与土地却远远高于朝廷国库好多年的税收！”
朱由校看似漫不经心的回答，但却从中表露了他的态度。
“是，陛下，臣以为财物与土地都是大明军队缴获的战利品，当拿来充盈内帑与国库。至于衍圣公府及孔庙孔林，现在朝廷连三大殿都还没有重修，怎能轮到他们！”
顾秉谦知道了皇帝对孔府的不满态度后，马上做出了贴合皇帝的回答。
朱由校看着这个历史上的阉党首辅，十分满意地点了点头道：“顾爱卿之言，实乃忠君体国，退下吧！”
“臣谢陛下赞誉，臣告退！”顾秉谦恭敬地回了一礼后，轻声退出了暖阁。
朱由校并没有将自己办公与会见大臣的书房改成上书房或御书房之类的名称，而是继续沿用了东暖阁的称呼，而且还挂了一副自己手书的“宁静致远”。
至于正殿的牌匾，他还是使用了与养心殿一样的“日月光明”，也没有重新启用新的名称。
顾秉谦从乾明门出来路过内阁新值房的时候，不禁侧身看了几眼，之后才脚步轻盈地朝承天门而去。
现在的朱由校与内阁值房都搬到了西苑，反而不用再进入紫禁城，而是在进入承天门后，直接穿过社稷坛，沿着西直道向北直走即可。
距离上，虽然比原先入宫要远了近一倍的距离，但从琼华宫步行至礼部也不用半个小时。
两天后，当再有官员上题本重修孔府孔庙与孔林时，朱由校在琼华宫正殿召集了内阁与六部九卿的官员，商议如何处置曲阜孔庙孔林与孔府之事。
与此同时，殿内还多了位锦衣卫指挥使田尔耕。
待众人行完礼，坐在上首的朱由校淡淡地开口道：“都议议吧，曲阜之事该如何处置！”
“启禀陛下，臣以为当及时修复孔庙、孔林并尽快确定新的衍圣公！”大理寺卿王纪首先表态道。
“臣附议！”刑部尚书黄克缵站出来附和道。
“启禀陛下，臣反对！现在的兖州府各地基本都被妖人破坏殆尽，当恢复民生为首要之事！”通政司通政使杨所修站出来反驳道。
“为了恢复民生，连圣人教化都不要了吗？”王纪立马大声反驳道。
“圣人教化可不是修复几座宫殿庙宇，相比而言，恢复民生才是真正的符合民为贵！”御史出身的杨所修毫不客气地驳斥道。
“现在国库充盈，修复几座宫殿庙宇又能如何？”王纪针锋相对道。
顾秉谦向前一步厉声驳斥道：“王大人之言，本官不敢苟同，现在大明四处战事频发，西北与华北更是多年大旱，陛下为了万民生计，连三大殿都未修复，什么时候却要急着修复曲阜的宫殿庙宇？
难道在王大人的眼中，三大殿不如曲阜的宫殿庙宇重要？还是说王大人眼中只有曲阜的衍圣公，而没有君父？”
“你！”
王纪被顾秉谦的偷换概念的辛辣言论给怼得怒火中烧，关键还不能当场发作，还得马上跪下为自己辩解，“陛下，臣并无此意，这全都是顾大人偷梁换柱、歪曲事实的片面之言，请陛下明鉴！”
“兖州府民生恢复要花多少钱粮？修复曲阜宫殿庙宇又要花多少钱粮？”朱由校没有搭理王纪，而是像是自说自话地问道。
“启禀陛下，虽然无法给出准确数字，但兖州府妖人作乱耽搁了春耕，并且毁坏了大量的城墙房屋，要想恢复以前的现状，臣预估耗银不下两百万两，粮食更是不下五百万石。至于修复曲阜的宫殿庙宇，臣预估将不会低于五百万两！”毕自严这个户部尚书站出来朗声答道。