苏州府吴县的江面上，船户单贵和他的妹夫水手叶新，一直在暗中寻找着猎物——那些携带大量财物的客商。这一天，他们终于等来了徽州商人宁龙和他的仆人季兴。宁龙此行携带了千余金的缎绢，雇了单贵的船只，打算运往江西进行贸易。
次日清晨，单贵的船只扬帆起航，一路向着江西驶去。五日后，船停在了漳湾的岸边。夜幕降临，单贵买了酒肉，与宁龙主仆二人一同畅饮。酒过三巡，宁龙和季兴已是醉意朦胧。单贵和叶新见状，心中暗自窃喜。
二更时分，夜色深沉，江面上只有微弱的星光。单贵和叶新悄悄地将船驶向江心深处，然后将宁龙和季兴推入水中。季兴因为醉酒过度，毫无反抗之力，很快就被江水淹没。而宁龙虽然也喝了不少酒，但他自幼熟悉水性，落水后顺势钻入水中，侥幸抓住了一块漂浮的木头。
他顺着水流一路漂去，突然看到前方有一只大船悠悠驶来。宁龙拼尽全力高声呼救。船上的人听到呼救声，其中一人名叫张晋，他认出宁龙是同乡，立刻命令艄子将他救起。两人相见，激动不已，张晋取出衣物让宁龙换上，并询问他落水的原因。宁龙将事情的经过一五一十地告诉了张晋，张晋听后愤怒不已，取出酒来为他压惊。
天亮后，两人另找了一艘船，准备前往吴地寻找包公报案。他们知道包公正在吴地巡行，于是立刻写下了状纸，将单贵和叶新的罪行一一告发。状纸中写道：“告为谋命谋财事：船户单贵、水手叶新等人肆恶害人，如同猛虎下山；我等客商离乡背井，却如同涸辙之鱼。我身带千两白银，只带一仆随行，来苏州贩缎，准备前往江西贸易。不料却遭遇了单贵、叶新等人的毒手。他们将我主仆二人推入江心，企图谋财害命。我幸得张晋救援，才得以逃脱。他们以为夜黑风高无人知晓，却不知天理昭昭，难逃法网。乞求包公大人明察秋毫，追回货物，严惩凶手。”
这份状纸如同一把锋利的剑，直指单贵和叶新的罪行。而包公也必将以他的智慧和公正，为宁龙主持公道，揭开这起悬疑案件的真相。
包公接到状纸后，仔细审阅，心中涌起一股疑惑。他立即命令公差去捉拿单贵和叶新，但得知二人尚未回家。公差回报后，包公果断下令，先将单贵的家人收监，同时让宁龙也一同入狱候审。
随后，包公派遣捕快谢能和李隽二人前往水湾巡查。原来，单贵和叶新在谋害宁龙主仆后，已将货物运往南京发卖。两人到达南京，将缎绢全部卖出，获得了一千三百两白银。满载而归的他们，在漳湾取船时，恰好遇到了谢能和李隽。
“既然回家，可否搭我们的船回去？”谢能和李隽不动声色地邀请二人同行。单贵和叶新心中虽感不安，但也没有多想，便同船返回了苏州。
船至苏州城下，谢能和李隽突然取出锁链，将单贵和叶新牢牢锁住。二人顿时魂飞魄散，不知所措地喊道：“你们无缘无故将我们锁住，究竟有何罪名？”
谢能和李隽冷笑一声，说道：“去见包公大人，你们自然会明白。”二人被捉入城中，正值包公升堂审案。公差将二人带至堂前，禀报道：“小的遵命捉拿单贵等人犯，现已带到，请大人发落。”
包公又派四人前往船上，将所有物品尽数搬入府中。他审视着单贵和叶新，厉声问道：“你二人谋害宁龙主仆二人，究竟得了多少银子？”
单贵面色一变，矢口否认道：“小人并未谋害人命，更不知宁龙是何人。”包公冷笑一声，说道：“有人证言你二人代宁龙雇船前往江西，中途谋害主仆二人。你还敢强辩？”
单贵狡辩道：“宁龙确实雇了我的船，但中途被劫匪所害，我自身难保，又怎能顾得上他？”包公怒道：“你们以酒灌醉他们，将他们丢入江中，如今还敢嘴硬。来人，将二人各打四十大板！”
叶新虽然心中惊慌，但仍试图狡辩道：“小人纵有亏心之处，但如今无人告发，也无赃物可证。大人怎能仅凭风声捕影，就对人用刑呢？”
包公冷笑一声，说道：“到了这里，由不得你们不甘心。若是从实招来，尚可免受刑罚；若是不招，便取夹棍来夹！”
单贵和叶新虽然身受酷刑，但脸上却毫无惧色，口中争辩不已。然而，当公差们从船上搬出行李物品，一一陈列在堂下时，他们却开始感到惊慌。监中取出宁龙来辨认，却发现其中并无一物是宁龙的，连银子也一丝一毫不见。
原来，单贵和叶新早已将所得银子和宁龙的物品藏于船中夹底之下。如今见包公查明真相，单贵不禁气急败坏地喊道：“宁龙你好狠毒！明明是你被贼人所害，却诬告我们。你简直没有天理！”
宁龙却冷冷地反驳道：“当夜何尝有贼？分明是你二人以酒灌醉我主仆二人，将船开出江中，丢我们下水。你们将货物寄放在人家，却在此地强词夺理。”
包公见二人争辩不休，心中不禁生疑。他心想：既然谋害了宁龙，船中怎会无一物？银子又藏在何处？那千两之货究竟置于何地？于是，他下令暂时停止用刑，将二人收监候审。
包公在第二天一早便升堂审案，将单贵和叶新二人带到堂前。他命令单贵站在东廊，叶新站在西廊，开始分别询问两人。
包公先看向叶新，严肃地问道：“那晚劫你船的贼人，一共有多少人？他们穿着什么样的衣服？长相如何？”叶新想了想，回答道：“三更时分，我们四人都在船中熟睡，突然一群贼人将船拖到江心。其中有一个身材高大，穿着青衣，脸上涂着颜色的人最先上船。紧接着，三只小船团团围住我们。宁龙主仆见到贼人上船，惊慌失措地跑到船尾，跳入水中。那个青衣贼人还想打我，我苦苦哀求说：‘我只是船户。’他才放手，然后抢走了船上的所有货物。现在宁龙却诬告我，这简直是昧着良心说话。”
包公点了点头，让叶新退到西廊。接着，他又转向单贵，问道：“你说说看，劫你船的贼人有多少？他们穿着什么样的衣服？长相又如何？”单贵回忆了一下，回答道：“也是三更时分，贼人将船拖到江心，四面围上来七八只小船。有一个穿着红衣的年轻人跳过船来，把宁龙主仆二人丢入水中。他还想把我丢进去，我说：‘我不是客商，只是船户。’他才放了我一马。不然的话，我也得跟他们一起跳进水里，命就没了。”
包公听完两人的陈述，发现他们的口供并不一致。他心中疑惑加重，于是下令将二人夹起逼问。单贵和叶新在酷刑下痛苦呻吟，纷纷喊道：“我们虽然谋了他的财物，但并未回家，那些财物究竟藏在哪里？我们真的不知道啊！”然而，无论包公如何施压，二人始终不肯招认。
包公无奈，只得暂时将二人收监，心中却明白这起案件并非表面看起来那么简单。
包公亲自乘坐轿子前往船上查看，却发现船内空空如也。他仔细查看船体，发现船底有一处缝隙，边缘平滑无棱角。于是，他命令手下将船底撬开。撬开后，只见船内藏有大量货物，包括衣物、器具等，还有两只皮箱装满了银子。包公立即下令将这些物品抬回衙门，取出宁龙来辨认。
宁龙仔细查看后，摇头道：“这些旧物并非我的，我不敢冒认。但这些新货和银子都是我的，只是这两只新皮箱不是我的。”包公听后，立即命人将单贵和叶新带到堂前。他指着满地的货物问道：“这两个恶贼死不招认，这些东西究竟是谁的？”单贵狡辩道：“这些东西都是客人寄存的，哪里是他的？”
宁龙冷笑一声，说道：“你说是别人寄存的，那你把皮箱簿账拿出来看看？这只旧皮箱左旁有一个‘鼎’字标记，难道还能抵赖吗？”包公立刻命令手下检查皮箱，果然在旧皮箱左旁发现了一个“鼎”字标记。
于是，包公下令对单贵和叶新严加拷问。在酷刑之下，二人终于招供出真相。原来，他们早已将货物卖到南方，所得一千三百两银子分成两箱，二人各得一箱。
包公听完案情，当堂宣判道：“单贵、叶新二人，贪图钱财，驾船载货，因贪念而谋杀客人。客人宁龙误上贼船，遭其毒手。二人趁酒醉将主仆推入江中，自以为得逞，岂料天网恢恢，疏而不漏。虽仆遭溺亡，但主获救脱险。今从船底搜出赃物，二人亦已招供。判单贵、叶新二人秋后斩首，以偿季兴之命；所劫财物归还宁龙，以慰其家。此案终结，民奸终得惩处，王法得以伸张。”
民众闻讯后无不拍手称快，纷纷称赞包公明察秋毫，为民除害。自此以后，单贵和叶新的恶名在江湖上传开，成为警示世人的反面教材。而包公则因公正严明、断案如神而备受百姓敬仰。