朱由校经过米柱多次洗脑式的游说，将建奴视为心腹大敌，他公开训斥那轻视建奴的兵部侍郎张秋明：“汝欲做蔡京童贯，朕却不是宋徽宗，建奴乃女真后裔，完颜女真一样的恶狼，稍有不慎，就是国破人亡之局。”
张秋明愤然道：“臣忠心为国，一片丹心，可昭日月，皇上却将臣视作蔡京、童贯一类的奸臣！”他摘下帽子，说道：“臣请辞，以证清白。”
这张秋明愤怒请辞，吓住了许多人，许多人都为其求情，连熊廷弼都为他说了几句，张秋明可是在兵部干了二十多年，真正的老资格，人缘官声不错。
朱由校道：“证什么清白？这确是朕的错，居然任命一个完全不知兵的人担任兵部侍郎，现在可以纠正这个错误，朕十分高兴。兵部侍郎张秋明昏庸无能，才具不足，着削去官职功名，回乡闭门思过，永不叙用。”
辞官回乡只是一时气话，谁知皇帝做得更绝，这让他脸色苍白，几乎昏倒，皇帝大发光火，连叶向高也不敢求情，张秋明被锦衣卫当场剥去了官服，逐出皇城。
皇帝公开的训斥和处置了张秋阳，让人见识到了皇帝对辽东的重视，真是开不得半点玩笑。
皇帝是信了王阳明那一套，宣大蓟辽，丢失其一，大明亡了，既然皇帝这么重视，其它人也不敢轻视。
经过廷推，任命了王在晋为新的兵部侍郎。
王在晋，万历二十年进士，初授中书舍人，后历官江西布政使、山东巡抚，进督河道，泰昌时迁兵部右侍郎，现在正式转正，成为熊廷弼的重要助手。
朱由校看中王在晋，懂军事也懂经济，不像有些人，认为打仗就用钱砸，好像这银子好像大风吹来似的，从来不考虑银子是怎么来的，还有朝廷的财政负担。
在辽镇方面，一直对于怎么用兵，各有各的看法，一直公允的说法是土兵（当地人、卫所兵）守城，客兵负责进攻，现在辽镇进行的军事改革中，将土兵变成国民警卫队，挑取优良精壮的士兵，组成皇家陆军五个镇，加上调去助战的皇家卫队，一共有七万精兵，基本与受到削弱的八旗兵相比。
八旗兵锐气被挫，大明辽东七镇则是刚练成的火枪部队，步骑合共有七万之众，但他们分布在沈阳、辽阳一带，肩负着收复开原、铁岭、抚顺的重任，任务并不轻松，现在正适应性训练之中。
兵部也觉得不靠谱，所以在各地调集精兵，驰援辽东战区，朱由校更是扬言，倾全国之力，也要收复失地，在这种情形之下，轻敌好大言的张秋阳下马，就不是什么奇怪的事。
连皇帝都认为不可轻敌，他张秋阳却偏当建奴是跳梁小丑，又没有什么破敌良策，真是令人失望。
旧皇驾崩，新皇登基，最要紧的事就是为先皇修实录，这是记录先皇一生的语录，也是以文字的形式对先皇盖棺定论。
这修实录是一件大事，是对先皇一生执政和为人的盖棺定论，像是武宗正德，因为无子，又是把文臣们得罪惨了，新上的嘉靖帝又不爽他们，所以他们把正德黑惨了，硬是把他写成了一个荒淫残暴的昏君，蒙受一生之耻，所以，对于皇室来说，为先帝修实录，乃是一等一的大事，也是向先帝表示孝意的方式之一。
康熙元年，上诏修《神宗实录》和《光宗实录》。
命英国公张惟贤为监修官，叶向高、刘一燝、韩爌、周嘉漠、赵南星、邹元标、史继偕、何宗彦、朱国祚等为总裁官，孙慎行、侍读学士顾秉谦、盛以弘、周道登、郑以伟、李腾芒、钱象坤、孟时芳、周如磐、孙承宗、祭酒吴宗达等为副总裁官，侍读骆从宇等为纂修官。
因为一年之内连死两个皇帝，在诏修《神宗实录》同时，又诏修《光宗实录》，这在大明历史之上，绝无仅有，朱由校亲自作序，以示哀思孝顺，这以亲耕、制遣大将出征、修典开始了康熙朱由校执政的开始，亲耕意味着劝课农桑，重视农业，大将出征是彰显武力，保家卫国，修典则是孝顺，表示遵遁的是大明以孝治国的基础。
还有另外一件重要的事，那就是选立后，这可是皇朝一等大事，朱由校当太孙太子之时都没有立妃，现在坤宁宫虚席以待，没有皇后母仪天下，这是一等一不妥之事，在新年第二个月，群臣们就上表，要求皇帝选秀女，以充六宫。
皇帝那里有什么隐私可言？他与客事那点烂事，为人所不耻，大臣们都觉得丢脸羞耻，他们以血的代价，特客氏逐出宫，寓居魏忠贤家，但皇帝多次微服出访魏忠贤家，这其中没有猫腻，谁人相信？大臣们是以此为耻，为皇帝选妃立后，成了当务之急。
皇帝这么多的事，所以东南的巡抚和提刑按察使之争，变得是无关紧要了，内廷直接下诣批复，让大理寺去查，张若定上书弹劾米柱的十大罪行，一条未入，倒是李逢春告他张若定一定，皇帝绕过内阁，直接让大理寺查，这其中的亲疏，一目了然。
连赵南星都觉得不妥和棘手了，新皇帝可不是先皇朱常洛，在立国本之争中，与他们建立了深厚的友谊，朱常洛十分信任和倚重东林旧臣，认为他们是道德君子，现在的皇帝肥痴愚蠢，一味曰利，没有了这一份君臣之谊般的圣眷，没有对他们东林党另眼相看，反而有防备之心。
不过赵南星也没有放在眼内，因为他们以清流名士自居，是道德君子，是不会媚上取宠的，还在正德、嘉靖年间兴起，以和皇上对着干为荣，挨皇上打板子，这是天大的光荣之事，值得夸耀之事，受这氛围影响，赵南星还真是拉不下这脸，去讨好朱由校这小子，这是有辱斯文的事呀。
而且赵南星现在也不太敢完全和皇帝对着干，他就对赵南星作为两帝实录的总裁官颇有微词，认为他过于偏激，有失公允。
皇帝的评价令赵南星颇为不快？什么叫有失公允？我这是嫉恶如仇，刚直不阿？全靠邹元标求情，他才得己参加。
参加先帝的实录编写，对于一个老臣来说，这对他文章和道德方面的认可？作为吏部尚书、托孤老臣，被排除在外，很丢脸的，所以他也有所收敛。
但对于皇帝让人去查他学生，却不查东厂，让他十分愤怒，认为皇帝和内阁有失公允。
所以赵南星又找来了马后炮聂正，他知聂正与米柱尿不到一个壶里，大声道：“东厂飞扬跋扈，大理寺就做东厂的传声筒？”
聂正道：“大理寺啥时候成了东厂的传声筒了？这一次本官派惠世扬去，定能查一个好结果。”
对于聂正的配合，赵南星表示满意。
惠世扬，字抑我，号元儒。惠世扬万历三十一年中举，万历三十五年成进士，初授华阳知县。因政绩显着，擢升刑科给事中，其直言进谏，刚正不阿，名满海内，和杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中同为东林五虎将。
在魏忠贤与王安的权利斗争中，东林党坚决地站在王安一边，直到王安失败逐出宫后，东林依旧要替王安报仇，和魏忠贤争斗到底，惠世扬则是主力战将，他与王安一向交好，堪称莫逆。
惠世扬与首辅方从哲积怨甚多，惠世扬上疏朝廷，列其十大罪状。皇帝朱由校对方从哲极力庇护，惠世扬被指责为诬陷，自杨涟死后，他便是少壮派的领袖，任大理寺少卿。
赵南星对于聂正让东林党人去查张若定，表示满意，这才是他想要的结呆，米柱想要在大陆上租一个城市做生意，这是不可能的，不但大陆，就是澎湖巡检司和宝岛也要收回，看你的舰队在那里立足。
赵南星有这时代官员党争的一切素质，那就是党同伐异，为了打击对手，什么都不顾。
他担任吏部尚书，身处要职，要搞一个人，实在是太容易了，这刘守仁和黄诚平就是他搞的，一个朝廷命官，居然勾结阉党，他就是要去收拾他们，搞死这些人，让他们知道，勾结阉党的结果。
赵南星好党同伐异，他将魏忠贤、王体乾、米礼义、米柱、熊廷弼等列为阉党，处处的刁难，处处的作对，就连叶向高都劝他以和为贵，他就是不听，这让叶向高十分为难。
发生在东南闽地的事，与他关系不大，他不是利益获得者，但闹得最凶叫得最欢的反而是他，所以利益团体们送他一个雅号忠直无双赵相公。
这让叶向高暗自摇头，让人当枪使却不自知，真心的不成熟，叶向高要坐稳首辅之位，上离不开皇帝的支持，也离不开东林党的支持，他是皇帝与朝廷之间的润滑油，看见赵南星叫驴做法，叶向高十分生气和不满。