澉浦之战后，也有少量的元军战船往北逃窜，却不料在长江口又遇见一支霹雳军舰队，这支舰队乃是夏大根所率的东海舰队。东海舰队规模比南海舰队稍小，只有五十余艘主力战舰，但轻护舰和梭镖鱼等小型战船数量却超过南海舰队。在接到乐全安大败蒙元水师主力的情报后，早已整装待发的东海舰队从台北启航了，目标直指扼守长江航道的焦山。就在不久前，元军统帅阿术率真阿塔海、张弘范等将领，在此大破张世杰所率的数万宋军水师。正是在此战中，元军击破了宋军最后一丝自信。自此之后，原本以水师为傲的宋军，也不敢在水上与元军正面交战了。
焦山地于长江航道与大运河十字交汇处，往北可通过瓜洲到达扬州，并北上两淮；往南可经镇江沿运河直达临安；向西不远处便是真州，溯水而上可直抵建康府。焦山高居江边，地形易守难攻，但面积不大，元军驻兵数量不过五百人。为了封锁江面，元军又在周边新筑了大量防御设施，并架设了投石机、弩炮和火炮。董文炳率蒙元水师主力南下后，阿术从上游调来不少兵力，又命降将夏贵派来二千精锐水军和二百艘战船。加上原有的守军，焦山周边的元军数量已达二万余人，包括二千蒙古骑兵、五千蒙古汉军，主力是新投降不久的宋军，其中水军占了一半。
夏大根曾是霹雳军最年经的水军排长，对水战并不陌生。虚心好学加上聪明过人，让他在受命统帅东海舰队之后，迅速进入了角色。作为开创流求事业的五人联席会议成员之一，他在海军系统也有着广泛的人脉。跟随在欧阳轩身边的几年时间内，培养了他平易近人的作风和远阔的视野，在短短时间内便让上下折服。与欧阳轩一样，夏大根也喜欢与基层官兵打成一片，不仅参加日常训练，也时常与官兵交心谈心。久而久之，舰队官兵皆亲切称呼这名年青的舰队司令为大根哥，虽然他的年龄并不大，甚至比大部分士兵的年龄都小。
自海入江后，夏大根采纳了舰队参谋部的建议，派人将江面上的船只远远驱离。话说宋元两军已早已将两岸的民用船只搜刮大半，剩下的早已躲藏起来，那里敢在江面上活动。现在江上活动的民船，要么与元军有千丝万缕的关系，要么干脆就是元军战船。霹雳军之所以这样做，并不是防止元军侦察，而是防止元军伪装成渔船、商船等民用船，靠近后发动突然袭击。霹雳军战舰再坚固，也无法经受敌人的火战船和爆破船的攻击。话说东海舰队此次出动的大小战舰也有三百余艘，加上后续送输陆战团的运输船，浩浩荡荡绵延数十里，根本就无法避开两岸的眼线。
此时的阿术已得到澉浦海战大败的消息，大骇之余急令加强防备。在此之前，他也得到了关中之战的消息。能将元军水师主力一战击溃，证明霹雳军舰队实力比陆军还恐怖。虽然知道胜算不大，但阿术仍然决定拼死一战。如果焦山一失，霹雳军可以顺运河南下攻击伯颜大军的后方，又能北上夺占扬州，让苟延残喘的两淮宋军缓过气来，还能逆江而上切断元军北退之路。为此阿术传令各军须得死战到底，退后者斩立决。
阿术心中仍然报有取胜的希望。就在不久前，张世杰率数万宋军进攻焦山，其麾下舳舻蔽江，其中不乏船体高大的海船。宋军以十舟为一方阵，皆在江中抛锚下碇，船与船之间用铁索相连，形成了一个个水中坚城。针对此阵形，阿术挑选神射手一千人乘船向宋军的两翼射击，自己则率大军居中进攻，以火箭（箭镞上束以油布，点燃射出）猛射宋军。箭雨之下，宋军战船的帆樯布篷当即着火，霎时烈火熊熊烟焰蔽江。船上的宋军欲战不得，欲走不能，只好跳入江中，淹死者不计其数。阿术认为，此战能战宋军，除却对手的失误，更为关键是蒙元军士英勇、箭术无双。已方占据上游，战船轻快，一旦贴近对方的大海船进行火攻，未必不能取获。
焦山之战宋军惨败的教训，也在提醒霹雳军要防止元军的火攻。长江水道十分宽阔，但挪腾避让的空间终比不得大海。东海舰队的主力战舰虽然灵活，但终归是为海战设计的，一旦被贴身便很难受。而且霹雳军战舰不仅比宋军海船更大，价格更昂贵，操作也更复杂，即便损失几艘也会是不可弥补之痛。对于焦山之战，夏大根决定以稳为先。为此他命梭镖船在前，主力战舰居中，轻护船在两翼，用炮火将沿途的元军防御设施清除干净后，再徐徐溯水而上。
在东海舰队前行的过程中，元军不断派出“水哨马”前来侦察和骚扰，这种轻快战船乘员只有十余人，十分适合江上活动。元军的神箭手坐在这种船上，试图冲入舰队中间施发火箭，却被梭镖船远远拦截。元军并不死心，又在岸边芦苇荡中隐藏起来，试图袭击舰队的两翼，却被轻护船上的火炮和水冷重机枪撕成了碎片。在损失了数十艘水哨马之后，元军终归消停了下来。元军在扬州、镇江、真州等地水军都集中到焦山，准备依托地形和岸上防御工事，与霹雳军舰队决战。阿术的想法是即便不能获胜，也要尽量摧毁霹雳军的战舰，让其无法获得长江航道控制权。如果不能做到，也要拖慢其速度，给上游的元军争取时间。
舰队到达焦山之时临近黄昏时分。夏大根不愿浪费落日前的这半个时辰，当即下令炮击焦山元军。霹雳军的战舰停在元军火炮射程之外，便是一通集火射击。几轮火炮之后，江中和岸边的元军防御据点皆燃起大火。焦山堡的元军也吃了几百发炮弹，投石机、弩炮和火炮多被摧毁。守军为了防备霹雳军进攻炮火，在堡外新筑了一排粗大的圆木栅栏，又将火炮和弩炮藏在土木工事之后。元军的这些防备只能说是聊胜于无。在战舰重炮的轰击之下，堡外的防御工事土崩瓦解，堡中石木乱飞，投石机、弩炮化为齑粉，火炮被炸得零件散落，支离破碎。
眼见暮色沉沉，夏大根命令下锚驻泊，以待明日再战。由于敌人近在尺尺，随时可以发动夜战和突袭，舰队并没有上岸扎营，而是在江上过夜。按照霹雳军行军打仗的惯例，战争期间要有三分之一士兵夜间值守，但实际上舰队的士兵们只有一半左右可以休息。这并非是夏大根过于苛刻，而是条件实在有限。由于军舰空间十分宝贵，有限空间放置大炮后，要优先考虑储弹药、粮水舱室，即便是舰长的指挥舱也十分狭小。供水手们休息睡觉的仅仅是一张吊床，而且为了充分利用狭促的空间，这吊床还分为上中下三层。即便是如此窄小的吊床也不是每人一张，而是供未值守的士兵轮流使用。