《奥日与黑暗森林》讲诉了一个童话般唯美而悲伤的故事。灵魂树守护着黑暗森林,灵魂树有许多孩子,它们是精灵。在一场风暴中,灵魂树刚刚诞生的孩子奥日(ORI)因为一次风暴,吹到森林外围,被一只充满母性的黑色生物纳鲁捡到。
纳鲁与奥日一起快乐地生活了好几年,自然也让奥日沾染了快乐与悲伤的情感—而这些都是精灵本不应该拥有的。
而这时候,灵魂树为了召回奥日,不得已发动了“光之祭祀”,光明照亮了整个黑夜,却在无意中杀死了黑暗生物——大黑鸟黑子的三个孩子,只剩下了一颗尚未孵化的蛋。
被复仇的情感填满了心头的黑子,夺走了灵魂树的至宝“赛安”,使灵魂树失去了保护黑暗森林的能力,水、火、风三个元素的平衡被打破,黑暗森林濒临毁灭。
也因为森林的枯萎,导致纳鲁被饿死,奥日变得消沉并且一蹶不振,最后还丢掉了生命。
直到此时灵魂树才终于找到了奥日,并且用尽最后的魔力复活了它。
奥日知道了自己的使命,于是去寻找丢失的三个元素,恢复森林的生机。
在经过重重苦难,也就是游戏中的大部分流程之后,故事终于迎来了尾声——
奥日终于相继恢复了三个元素,却在这时,森林突然开始燃起了熊熊大火。
此时纳鲁被奥日的伙伴用魔法道具复活了,复活后的纳鲁一心想要再见到奥日,于是在伙伴的带领下外出寻找奥日。
另一方面,奥日在将“赛安”交还给灵魂树,想要阻止大火蔓延的时候,却被黑子抓住了,无法平息的大火逐渐破坏森林。
在黑子的阻挠下奥日不仅无法让灵魂树重新获得力量,自己也处于危在旦夕的危险处境之中。
恰好在最后一刻,纳鲁赶到了。
但是平凡的纳鲁没有能力,它无法阻止可怕的怪物黑子,也无法阻止大火,却依然毫不犹豫,不计后果地冲到奥日身边保护它。
因为奥日是它最珍贵的宝物,它如亲子般将奥日抚养长大。
即使它们两个绝对不是同一个种族,亲情的血却早已浓于同族之血,就算面对着这无法阻止的燎原大火,纳鲁也要紧紧地保护住自己的孩子,心中也只有这么一个想法——
就算是死也要保护好奥日!
黑子被这一幕感动了,让它想起了自己的孩子,想起了自己还有一颗尚未孵化的蛋。
于是它从复仇的狂热中惊醒,为了阻止大火,保护自己唯一的希望,黑子亲自将赛安交还给了灵魂树,自己却被灵魂树的光芒燃烧殆尽。
灵魂树复活了,黑暗森林也得以重新变得生机勃勃,此时故事迎来结尾。
纳鲁带着奥日和他的伙伴继续快乐地生活在一起,黑子最后的蛋也在它们的家中,而黑子的孩子即将破壳而出。