扬威军和英国关系恶化，带来一系列的问题。贸易问题已经退居其次，主要是战争层面的问题。参谋部和幕僚府专门就这些问题组织了两次联席会议，商量讨论解决办法。
其实，扬威军能想的办法非常少、也极度委屈。核心就一个字：忍。
报告递到吴天佑这里，吴天佑认真地阅读过。可以说，幕僚府及参谋部的分析非常到位。扬威军控制的浙江、福建两省，都有着漫长的海岸线。可扬威军没有海军，所以，整个漫长的海岸线基本都成了不设防的城市，英军想攻打随时都可以。
但是，只要扬威军防住了重点城市，沿岸的损失并不能对扬威军造成致命打击。可扬威军的整个建设进程将会被拖慢甚至停滞不前。
吴天佑却另有看法。因为幕僚府的报告里忽略了一件事，那就是忍耐是有极限的。长期受压状态下，一旦达到忍耐极限，扬威军可能会首先从内部瓦解，而导致整个崩溃。
所以，吴天佑必须考虑如何应对英国海军对沿海的袭扰和攻击。卜鲁斯很大程度上会请示国内内阁的意见，才能决定是否对扬威军采取军事行动，这期间，大概有10个月左右的缓冲期，可以供扬威军做准备。
首先，要保护好重点的生产基地，主要是杭州、福州和温州。这三个地方，已经建成或正在建造防护要塞，英军如果想突破进行破坏，并非易事。其次是沿海重要经济城市，如宁波、台州、福宁、泉州四地，只要留守一定的驻军，英军也很难轻易攻破。县城，扬威军可能就很难顾及得到了。
还有一个方法，就是拉长英军战舰的补给线，这样就可以极大缩短英国战舰的滞留时间，达到缩小敌方攻击范围的目的。要达到这个目的，只能攻占上海。这样，英舰的补给点就只能去香港了。就算清廷可以帮英舰提供粮食和煤，但无法提供弹药也是白搭。
如果再狠点，就可以打下广东，再灭了香港，英舰的补给线就更长了。英舰除了采取大规模攻击外，小范围的骚扰已经很难实施。
当然，要阻止英军获得煤的补给，还有一个重要的地点，就是台湾的鸡笼（基隆），那里盛产优质无烟煤，是海军的军用煤。
再后，就只有等待时机，等待扬威军自己的战舰下水了。
不过，吴天佑还得防止英舰直接攻击天京。否则的话，不知道洪秀全那紧绷的神经会不会错乱，而屈从英国。那样，扬威军就例外不是人了。
于是，吴天佑首先给天王洪秀全上奏，请求准予扬威军接管镇江丹徒城，以截断湘军江苏、上海方向的补给线。同时围歼贵池至丹徒段的湘军水师，彻底使天京解围。
接着，吴天佑召集吴天佐、刘玱琳来杭州开会。
吴天佑准备调刘玱琳去攻占台湾。这位是他放心、又能在没有火器支援的情况连续战斗的唯一将领。而且，为了保证出兵的突然性和对岛上百姓的有效沟通，他打算用左五军的第九师、第十师攻打台湾。
吴天佐来到杭州，首先去拜见了母亲，然后才去见吴天佑。
书房里，吴天佑和刘玱琳都在，吴天佐到了后，兄弟俩寒暄几句，吴天佑就开始说话：
“长兄，这次请你开的情况是这样的。”
吴天佑从炮击英舰开始简单介绍了当前情况，并谈了计划派遣刘玱琳率领左五军第九师、第十师攻占台湾的事。
“长兄，这次刘玱琳出兵攻占台湾，我军其他的军事行动都需暂缓。所以，攻击嘉应州的计划得向后延迟，暂时就不考虑了。”
听了吴天佑的长篇大论，吴天佐知道，当前情况下，这样安排是比较适当的。只是，弄不清弟弟的公心还是私心作祟，亦还是吴天佑这招是公私兼顾的妙招。突然从自己手中划走两个师，还是心里有点怪怪的。
不过不管心里怎么想，他还是执行了吴天佑的命令。
吴天佐其实没猜错，吴天佑这手确实是假公济私、公私兼顾的。他不想任何自己的部下拥有太过强大的军力。吴天佑虽然说会补给左五军两个师，但那是1年左右才能补。
那时，他把特战师、近卫师都扩编完成后，就算吴天佐手握五六万兵力他也不担心了。
1863年6月，吴天佑任命的台湾总督、第七集团师司令刘玱琳从福州突然发兵，乘坐大批民船杀向台湾岛，此次随刘玱琳出征的仅有第十师。
在各方还没反应过来时，刘玱琳就已经从淡水（今新竹）附近登上台岛，并迅速占领了淡水。随后，民船返航，继续运送第九师以及大批军用物资。
由于卜鲁斯仍然犹豫不决，等待英国内阁的指示。所以，英法列强没有对扬威军的这次行动做任何干涉。眼睁睁看着刘玱琳带领扬威军第七集团师南征北伐，直至占领整个台岛。
刘玱琳以第十师的两个旅，首先沿官道北上，扫荡了南嵌、南雅、新庄、鸡笼等地，然后从鸡笼南下占领葛玛兰（今宜兰）。
第九师到达淡水后，休整数日。刘玱琳就留下警卫旅及炮兵旅守城，亲率第九师以及第十师三个旅，一路南下，先后攻占后陇、白沙墩、大甲溪、大肚。
由于清廷在台湾并没有重兵防御，扬威军只受到轻微抵抗，便纷纷投降。8月，攻占彰化。9月，占领嘉义。10月占领台湾府城。
随后，刘玱琳开始整编俘虏，并征召台湾民众参军。以第九师、第十师将士为骨干，组建了第一、第二、第三保安师。这是吴天佑给予他这个台湾总督的特权，是扬威军辖区内，唯一一个可以自主招兵、军政独揽的特殊安排。目的就一个，守住台湾，守住鸡笼煤矿。
等这些处理好后，刘玱琳留第九师镇守台湾府、第一保安师守嘉义、第二保安师守彰化、第十师守鸡笼，刘玱琳则带领第三保安师、警卫旅、炮兵旅等镇守淡水。
这段时间，从福州还运来了不少补给，其中包括一个可以生产步枪子弹和手榴弹的弹药厂，一个水泥厂，一个机械维修厂。