太平天国前期，军政大事由军师负责，洪秀全退居幕后少理朝政，大权落在东王杨秀清手上。杨秀清凭借自身卓越的军事指挥才能，率领手下强兵悍将逐步打开局面。随着太平军的实力不断壮大，杨秀清手中控制的资源也越来越多，他的野心也膨胀起来。
公元1856年（清咸丰六年）太平军攻破清军向荣的“江南大营”，解天京三年之围，太平天国形势大好。说实话，这一切都是杨秀清和他手下的一帮战将拼死打打下来的，和龟缩在天王府里整日享乐的洪天王真没多大关系。
杨秀清看着自己拼死拼活打下的江山，却让洪秀全仅仅凭“上帝次子”身份就坐享其成，还把自己压的死死的，很是不爽。于是，杨秀清假装“天父下凡”迫天王将自己由“九千岁”封为“万岁”，由此引发了震惊中外的“天京事变”。
而缩在天王府里的天王洪秀全也非无能之辈，拜上帝会是他一手创立的，在教中有着无与伦比的影响力。东王虽然握有军权，可手下将士却是清一色的拜上帝会教徒，没有天王坐镇，他杨秀清如何统领一帮教众？
这其实就是，东王杨秀清掌握军权，洪秀全掌控宗教大权，杨秀清掌握实权，可大义上的最高统治者却是洪秀全，就是两架马车拉着太平天国往前走。在早期，为求生存、发展，这种结构并没有显示出什么大问题，但当太平天国发展到了一定程度，特别是定都天京后，这种两个中心的政权结构的弊端就显现出来了。
围绕着政权的控制权，天王洪秀全和东王杨秀清之间的你争我斗，矛盾重重，积怨是越来越深。东王嫌天王碌碌无为，占着茅坑不拉屎，天王怨东王贪得无厌、咄咄逼人。
这次，东王借“天父下凡”逼封“万岁”，就是要在大义上和天王平起平坐。加上东王手握兵权，这以后还有谁能制衡他？天王知道，如果自己再不出手，以后怕是想出手也没机会了，怎么死的都不知道。
万般无奈之下，天王决定铲除东王，密令北王韦昌辉和翼王石达开率兵赶回天京，对付东王。在天王洪秀全的授意下，北王韦昌辉迅速行动，带兵赶回天京，包围东王府，杨秀清及其家人被杀。
杀红眼的北王韦昌辉，为确保自己不被报复，趁机把东王幕府部属、他们的家人及其他军民共2万多人全部斩杀。
随后，翼王石达开抵天京，见此情形，责备韦昌辉滥杀，二人于是不欢而散。面对杀气腾腾的北王、血腥的天京城，石达开异常警觉，感觉形势不妙，当夜带着心腹迅速逃出天京城外。其后，北王韦昌辉声称受天王洪秀全的密令，尽数诛杀翼王府中家属。
翼王石达开获悉惨剧发生，悲愤交加，彻夜未眠。并连夜召集部属，在安徽举兵靖难，上书天王，请杀北王以平民愤。天王见全体军民都支持石达开，遂下诏诛韦。
天京事变后，由于东、南、西、北四王均已死亡，太平天国合朝推荐石达开主持朝政，为了朝局的稳定，洪秀全被迫答应此事。
但东王的前车之鉴，让天王很难再信任手下这些悍将们。洪秀全虽然答应让石达开主持朝政，却不肯授予他“军师”的地位，只封他为“圣神电通军主将义王”。待局势稍见好转，为自身安全着想，随即启用其兄弟，分别封洪仁发为安王、洪仁达为福王（均为二等王），以牵制翼王。
在天王的示意下，安王、福王肆意插手朝政，四处安插心腹，甚至卖官卖爵，让石达开难有作为。为免再次爆发内讧，1857年5月，石达开被迫率数千人逃出天京，前往安庆避祸。
天京事变使东王杨秀清、北王韦昌辉、燕王秦日纲三王被杀，翼王石达开远走，是太平天国国运的转折点。在此以后，元气大伤的太平天国已经失去了和清王朝争霸天下的本钱，慢慢走向没落。
1858年（清咸丰八年）9月，陈玉成、李秀成率军攻占浦口和扬州，大破清军江北大营。清军乘太平军东下，攻安徽、据太湖、扑安庆，李续宾率湘军连陷潜山、桐城、舒城，攻三河镇，进逼庐州（合肥）。陈玉成率兵回援。
11月，陈玉成部攻克三河清营，太平军歼清军六千人，击毙李续宾、曾国华。清军从安庆外围撤走。天京周围局势在“天京事变”后出现了再次趋于稳定的有利态势。
但是，清朝和天国之间强弱态势未变。自1853年3月29日，洪秀全在杨秀清和文武百官、黎民百姓的跪迎欢呼声中，进入金陵城，并宣布定都金陵，改名天京，正式建立了与清王朝相对峙的太平天国。
自此以后，太平天国始终处于保卫天京的被动挨打的怪圈中，已经失去了战略主动，失去了对外攻城拔寨、拓展控制疆域的能力。
加之后来的天京事变，太平天国更是元气大伤，明眼人都看的出来，照此情形继续发展下去，太平天国终将会步入末路。这让部分具有战略眼光，包括翼王石达开、忠王李秀成、英王成玉成在内的太平天国中高级将领深感忧虑。
1859年（清咸丰九年）春，由于天京周边局势得到暂时的稳定，天京城亦开始逐步恢复了一些人气。人们在田间上劳作，忙乎着春耕。所谓一年之计在于春，农夫们怀揣着一年的希望，盼望秋天能够收获一家人能够保命的粮食。
天京城内的皇城里，天王洪秀全也在谋划天国的未来，一个自己可以掌控又能扛住清妖的太平天国的未来。此时他正坐在御书房的案台边，手里拿着一份奏章看了又看，脸上露出了久违的笑容。
玕弟终于要回来了，回来好啊，洪天王满心的欣慰。
实在是太难了，“天京事变”虽然除掉了东王杨秀清，但同时北王和燕王也被诛，翼王负气远走，国内的中高层将领已有人心不稳的趋势，队伍不好带啊。
军队的损失也就算了，再招就是了，没什么大不了的。可信仰的坍塌却是要命的事，人心很容易就会散了。东王虽然是罪该万死，可他毕竟是代表着“天父”，就这么挂了，怎么说啊。
虽然弄了个“东升节”，对外宣称东王升天回天庭去了，掩盖了过去。可是这北王诛杀东王的事参与的人实在太多，总不能全杀掉吧。
所以，还是有不少人知道东王就是被咔嚓掉的，就是被这死鬼北王杀掉的。天父啊，泥马，就这么挂了，谁特么还信上帝、信我这个上帝的次子天王。
再者，自己手下能打的战将是有不少，能文能武的帅才也不缺，成玉成、李秀成、杨辅清、李世贤等等都是，可天王对他们心中没底啊。
所谓人心隔肚皮，谁知道会不会再出一个东王第二什么的，那就闹大发了，还是自己的兄弟才可靠。原本想依靠长兄、次兄来协助自己控制朝堂，谁知这两混蛋，成事不足败事有余，能力不足也就算了，还任人唯亲、收受贿赂，搞得是天怒人怨，尽添乱。
不得已只能把他们给撤了。现在是大事小事都得操心，交给他人又不放心，真心累。
咸丰九年（1859年）三月二十日，洪仁玕抵达太平天国首都天京。
次日，洪仁玕进天王府，和天王洪秀全闭门会谈了近两个时辰。由于二人会谈时，屏退了所有人，谁也不知道他们兄弟二人究竟说了什么。只是，会谈结束后，天王洪秀全非常高兴，封洪仁玕为“开朝精忠军师顶天扶朝纲干王”，总理朝政。
洪仁玕生于1822年，小名谦益，号吉甫，广东花县（今广州市花都区）官禄布村人，太平天国着名的政治家，洪秀全的族弟。洪仁玕自幼喜读经史、天文历数，参加科举考试失败后以教村塾为生。
洪秀全创立“拜上帝会”，洪仁玕洗礼入教。他在清远一带任塾师。一面教书，一面宣传教义，发展教徒。洪秀全与冯云山在广西桂平筹划起义时，洪仁玕在清远，没有参加。
后来，洪、冯两姓族人在清兵围捕下在谷岭起义，失败后他于咸丰二年（1852年）四月逃亡到达香港。在香港，他结识瑞典巴色会教士韩山文（hamburg theodore），受洗入教，韩山文死后，他任伦敦布道师，学习天文，留心西方文化。
通过学习，洪仁玕的思想认识达到了新的飞跃，他再也不是过去那个仅有农民意识的人，他已成为具有近代意识的知识分子。在他脑海里，已经逐渐形成一个用发展资本主义来改造中国的方案，这就是日后他的《资政新篇》的由来。
洪仁玕受天王重用，掌管天国朝政，于是立刻开始组建自己的团队，雄心勃勃准备大干一场。根据他对世界大势、西方文明的了解，写了一部《资政新篇》，进呈天王。主张学习西方国家的政治制度和科学技术，走富国强兵之路。
发展交通、办理邮政、开采矿藏、兴办水利、奖励制造、开办银行与保险、普设乡官乡兵、设立新闻官、建立公库和税务机关，严禁贪污，发展文化教育卫生事业，奖励慈善事业，禁止迷信，禁止饮酒及吸黄烟、鸦片，禁止溺婴、买卖人口及使用奴婢等。
他还主张与各国通商，在不干涉内政的前提下允许外国牧师和科技人员来中国工作。
他甚至提出：“万方来朝，四夷宾服及狄戎蛮鬼子，一切轻污之字，皆不必说也。盖轻污字样是口角取胜之事，不是经纶实际，且招祸也。”
可以说，他是当时（不仅仅是太平天国，也是整个中国）最为了解西方、了解世界，开明、务实的思想家、政治家之一。洪秀全在多数条文下，都批示“此策是也”，命令“遵刻颁行”。