这时候，清军别说守城了，连自顾都没可能。而见到东门四处大乱的迹象，朱一贵敏锐地就察觉机会来了，他立即下令全军总攻，当精锐的明军从轰开的缺口冲进东门的时候，一切就成了定局。
回天无力，富灵阿悲愤之余只能撤退，但这时候他想跑也不是那么容易的。眼下东门、南门是走不了的，要走也只有向西门和北门跑。作为中都，凤阳的城门格局等同南京，说是西门和北门，但实际上两个方向各有三个门。
从逃跑路线来看，这是他们唯一逃出凤阳的通道，但要知道凤阳城的格局不小，富灵阿和他的主力都在东南两个方向，把散出去的部队抽调回来需要时间，然后再从东门或南门杀出一条路逃亡西门和北门，这也是一段不段的距离。
更重要的是，由于富灵阿驱赶城中百姓蚁附，导致城中乱成一团，甚至那些侥幸逃出性命的百姓当回忆到所见的惨状时，对于面前的清军愤怒的如同仇人一般。
用现在的话来讲，富灵阿几乎陷入了人民战争的汪洋大海之中，这时候他也来不及，或者说不可能再把各处兵力收拢了，只能集结起身边的数千兵马拼命向西北窜逃，一路上清军陆续伤亡和掉队，当他刚穿过凤阳城，已来到西北方向的时候，凤阳城内四处都是喊杀声，更能在硝烟弥漫之中隐隐约约看见已竖立起来的明军大旗。
为了保命，富灵阿下令队伍一分为三，其中两支队伍各朝左右而去，而他带着最后六百多人头也不回地继续跑。费了九牛二虎之力，跑得上气不接下气的富灵阿终于在最后一刻逃出了凤阳城，出城后他又一口气向北跑了三十里地这才停下。
等停下之后，几乎丢盔卸甲面目狼狈的富灵阿发辫批散，全身上下都是泥尘和血迹，犹如叫化子般。除了依旧握在手中的刀外，富灵阿连自己的副将印都给丢了，更不用说代表他身份的红顶子了。
清点身边人马，万余大军最后留在他身边的居然只有区区九十七人，而且这九十七人个个都和他一个模样，犹如丧家之犬。
勉强站着，富灵阿神色茫然地回望凤阳城的方向，然后又看看身边的人，再瞧瞧已身无长物的自己，顿时无尽的悲凉涌上心来。
“我……叫我如何向军门，向主子交代啊！”瞬间，富灵阿泪如雨下，嚎啕大哭。
众人个个神色黯然，仿佛全如同丢了魂似的。凤阳丢失，徐州危也，山东清军危也！
失魂落魄的富灵阿双腿一软跪倒在地，他拼命地朝着北方磕头，磕了几下后，猛然就抓住了丢在一旁的刀，伸手就要朝脖子抹去。
“将军不可！”早就留意他举动的参将急忙一把抓住了他的手，急急劝着万万不可轻身。
“本将是罪人，对不起军门，对不起主子，对不起皇上，对不起我大清，更对不起众兄弟啊！”富灵阿大哭道：“如此罪人，还有何面目存活于世？”
“将军，您就算要这样做也不是这时候啊！”参将急忙又劝道：“凤阳丢失，徐州危险，将军您如今最要紧的是速速赶到徐州告知军门此间情况，让王爷立即南下，如果再晚了，一旦徐州也丢，局势一发不可收拾！”
此言一出，富灵阿顿时愣了一下，哭声也停了下来。参将说的没错，眼下的确不是寻死的时候，如果徐州那边不能第一时间得知此事的话，那么到时候整个清军就会被死死关在山东。
一想到这，富灵阿的死志顿时消退，他点点头，在参将的搀扶之下站了起来，随后咬牙切齿道：“你说的没错，老子就算死也要做完这件事再死，兄弟们，提起精神气来，跟老子去徐州！”
凤阳城的混乱足足持续了一整天，就算明军正式攻破城后，城中乱局也并非马上就能平息的。
入城的明军一方面要继续清剿城中的清军，第二方面还要让那些发狂的百姓们安定下来。但这说起来容易做起来难，尤其是后者，那些疯狂的百姓人数庞大，而且已影响到了整个城市，明军为了安全也不敢深入，甚至在必要时直接用武力压制。
足足一日后，等二天临近午时，凤阳城这才彻底安定下来，但这时带和残部的富灵阿早就不知逃出多远了。而且经此一难，凤阳城可以说几乎成了人间地狱，城外和城内死伤遍地，除去清军，城中百姓死伤人数超过了七万，这还没算上失踪和下落不明者。
七万人意味着什么？可以说凤阳城内百姓家家带孝，户户死人。甚至更惨的是，被驱赶出城用来蚁附的百姓中还有一家老小全部死绝的情况，当一行行，男男女女老老少少的尸体静静摆着时，凡是看到这一幕的无不触目惊心。
城中的战火已经扑灭，但四处依旧弥漫着硝烟，浓列的血腥夹杂着烟味在四处飘散，静静的城里，时不时传出一声接着一声哭号，这声音如此尖锐和凄凉，犹如一把刀子般生生插入人的心中。
仅用一日多的时间就占领了凤阳，对于明军而言自然是一场大胜利，更重要的是凤阳在大明的政治意义，作为收复中都，这是一个毫无疑问的大功。
但是，现在的明军并没有胜利后的喜悦，甚至可以说整支明军的气氛极其压抑，更没有人因为这场大胜而祝贺主将朱一贵，当听到入城的军队来报，城中已初步完成清理，可以入城的时候，朱一贵脸上并没半分喜色，一张脸几乎黑成了锅底。
“大帅，此战我军也是被迫无奈，罪魁祸首是守城的清狗，如不是他们，怎会如此结果？再说，大帅当时的处置并无问题，如稍有犹豫非但救不了这些百姓，甚至连我军都将陷进去啊！”见朱一贵如此，部下顿时好言劝道。
“一将功成万骨枯啊！”朱一贵望着远处一排排望不到头的尸体，幽幽叹道。
“大帅……。”
摆摆手，朱一贵道：“本帅已写了请罪折，此战杀孽太重，作为主将，一切罪责本帅自当承担！”
说完，朱一贵大步向前走去，在正午的阳光下，朱一贵的脚步走的并不快，却是异常坚定。